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私たちの研究室では、生命現象を俯瞰的な視点から捉えなおすことを目指し、自由な発想に基づいた分野横断的な研究を旨として、幅広いテーマの研究を進めています。

バイオインフォマティクス(生物情報科学)の発展とライフサイエンス分野における技術革新により、これまでは得ることすら想像できなかった規模の様々なデータを解析できる時代が到来しました。数億年スケールの遥かな時間を越え、生命の過去の歴史を現在に伝える「ゲノムデータ」。遺伝子発現、調節、そして相互作用など、ゲノム配列が機能するメカニズムを語る種々の「オーミクスデータ」。生物学者がこれまでに蓄えてきた膨大な知識を、コンピュータが理解できる形式で表現した「パスウェイ・ネットワークデータ」。生物の表現型、行動や社会性を定量的に解析することを可能にする「画像・動画・バイオロギングデータ」。そして、環境と生命の複雑な相互作用ネットワークを描き出す「メタゲノム・生態系・環境DNAデータ」。

時には新しいデータを自ら取得しつつ、これらのデータを新たな視点や手法によって解析することで、生命システムの成り立ちやその進化学的・生態学的背景に関する新しい概念、仮説、法則性を導いていくことが、私たちの目標です。

研究アプローチと主な研究テーマ

動物、植物、微生物、ウイルスなどあらゆる系統群の生命知識・データを対象に、新しい情報解析・数理解析手法の開発や高性能なコンピュータを用いたデータ解析を行うバイオインフォマティクス研究と、バイオインフォマティクス研究に加えてゲノム・オーミクスデータや表現型データなどを取得するための生物学実験を行うハイブリッド研究の双方のアプローチを用います。以下のテーマのほか、個々の自由な発想に基づいた幅広い研究を推進しています。

ゲノム情報は生命活動の礎となるものであり、また祖先生命から私たち現代の生命に至る長い歴史の記録でもあります。ゲノム進化解析によって、生命の共通祖先から現在に至る生命がどのように地球上で進化してきたか、ゲノムやそこにコードされた生命システム・遺伝子ネットワークはどのように進化してきたか、また、生命と地球が長い時間の中でどのような歴史を相綴ってきたか、などを明らかにするための研究を行っています。さらに、トランスクリプトーム情報にはゲノム中で機能している遺伝子全体についての、メタゲノムや環境DNA情報には生態系についての、それぞれ豊富な知識が埋もれています。環境の変化に応じた様々なオーミクスデータの変動を解析することで、生命が環境の変化にどのように応答するか、生態系のダイナミクスが生命と環境のどのような相互作用により生み出されているか、探求しています。

また、生物を撮影した画像・動画データやロギングデータから、表現型や行動といったこれまで定量的に解析することが難しかった性質を定量的に解析することができるようになりました。私たちは、これらのデータから生物の行動を解析するための新しい情報技術を開発するとともに、生物行動に隠された法則性を見いだすための研究をすすめています。そのほかに、データビジュアライゼーション、テキストマイニング・書誌情報解析に関する研究を行っています。

研究業績

Publicationsをご覧ください。

メンバー
May 2016
岩崎 渉 [WebPage]
准教授
青木 誠志郎 [WebPage]
助教(東京大学大学院総合文化研究科)
楊 靜佳 [WebPage]
特任研究員
シサワスディ シラ [WebPage]
特別研究員(日本学術振興会外国人特別研究員)
松井 求 [WebPage]
特別研究員(日本学術振興会特別研究員)
安達 大輝 [WebPage]
特別研究員(日本学術振興会特別研究員)
石川 奏太 [WebPage]
特別研究員(日本学術振興会特別研究員)
コセンティーノ サルヴァトーレ [WebPage]
特任研究員
新居 良規
博士課程2年
平岡 聡史 [WebPage]
博士課程2年(日本学術振興会特別研究員)
牛山 絵美子
修士課程2年
竹下 雅道
修士課程2年
辰野 奏知
修士課程2年
福田 聡子
修士課程2年
馬場 択視
修士課程1年
三上 智之
修士課程1年
黒木 健
修士課程1年
吉野 将史
修士課程1年
薄井 光生
学部4年
吉川 武文
学部4年
熊谷 洋平
博士課程2年(東京大学大気海洋研究所)
研究室出身の研究者:
平瀬 祥太朗 博士(東京大学)
尾崎 遼 博士(理化学研究所)
福永 津嵩 博士(早稲田大学)
研究室に滞在した研究者:
井口 亮 博士(沖縄工業高等専門学校)
竹内 美緒 博士(産業技術総合研究所)
大学院生・研究員募集

私たちの研究室では、生命科学と情報科学の双方の専門性に基づいて新しい概念や仮説を構築・検証し、大学・研究機関・民間企業等で先頭に立って活躍していく研究者・専門家の育成を重視しています。そこで、既存の学問分野をまたぐ幅広い視点を踏まえた研究に挑戦したい方、特に、自分自身のユニークなアイデアに基づいて新たな領域を開拓することを強く志す方を歓迎します。研究室に参加される方には、学問を志すやる気と自ら考えて行動する積極性に加えて、柔軟な発想と遊び心、さらに、日本語か英語かによらず自分の考えを明確に表現しつつ仲間と議論・協調していく姿勢を持つことを期待しています。

研究テーマの決定にあたっては、「主な研究テーマ」の項にあるようにできる限り幅広い研究対象の中から、それぞれのメンバーが自分自身で考えたアイデアを積極的に受け入れ、研究計画を共に議論する方針をとっています。実際に、これまでの研究でも、バイオインフォマティクス、ゲノム進化、ネットワーク、アルゴリズム、系統樹、生態系、メタゲノム、データ表現、文献情報解析、データベース、機械学習、NGS、機能ゲノミクス、画像動画解析、環境DNAなどかなり幅広い研究を行ってきているので、参考にしてください。その上で、生物情報科学そのものがまだ新しい領域でもあることから、まだ生物情報科学で活用されていないデータや考え方への展開なども含め、研究テーマの可能性を狭める先入観を強く持ちすぎずに参加して欲しいとも考えています(研究を遂行させ成功させていく上では、自分自身が最もわくわくしやりたいと思うことを明確にし、それに取り組むことが何よりも鍵になると考えています)。

大学院生として研究室に参加する場合、以下の2つの専攻のいずれかの入試を受ける必要があります。どちらの専攻でも研究室での生活は変わりありませんが、入試問題の形式・傾向および入学後に受講しやすい講義が異なります。また、各専攻において、博士後期課程学生および修士課程で博士後期課程への進学を目指す学生向けに、奨励金制度・国際学会参加支援制度・教育プログラムなどが設けられている場合があります。詳しくは、各専攻の大学院入試説明会などで確認してください。

生物情報科学以外の分野から大学院修士課程に入学する方には、入学までに身につけてきてほしい内容について、合格発表後に参考書を指示しています。それでも、2年間の短い期間で生物情報科学を学び、研究成果を上げ、大学・研究機関・民間企業等で先頭に立って活躍していく研究者・専門家として成長していくことは難しいことがほとんどのため、修士課程修了後の進路については出願前にご相談ください。私たちの研究室では、修士2年以上の大学院生には日本学術振興会特別研究員(DC)への応募を積極的に推奨しています。なお、博士後期課程から入学する場合にも、早めにご連絡いただければ出願前からこれらの点について相談にのることができます。

研究室見学や質問は随時受け入れていますので、希望する方はまずは岩崎までメールにてご連絡ください。また、岩崎が参加する大学院入試説明会が本郷キャンパスで開催される場合には、原則として説明会後に研究室見学を受け入れていますので、直接声をかけてください。

研究員として研究室に参加することに興味のある方は、まずは岩崎までご連絡ください。公募の情報はJREC-IN Portalに掲載されることがあるほか、公募を出していない場合でも特任研究員の受け入れが可能な場合があります。また、フェローシップ(日本学術振興会特別研究員(PD)等)への応募を歓迎します。特に、自らフェローシップを獲得して参加される方の研究テーマについては、何らかの意味で生物と情報の両方に関わりがあれば、幅広いテーマを積極的に受け入れています(これは、研究テーマの多様性の中からこそ生まれる独創性を重視しているためでもあります)。

生物情報科学科への進学・インターンシップ

卒業研究生は東京大学理学部生物情報科学科から受け入れています。高校生や駒場生(教養学部前期生)でバイオインフォマティクスやシステム生物学を学びたい方は、東京大学教養学部(理科であれば類は問いません)から理学部生物情報科学科へと進学してください。

駒場生の研究室見学も受け入れているほか、私たちの研究室ではインターンシップ(研究補助アルバイト)を受け入れることが可能な場合があります。いずれの場合も、まずは岩崎または研究室のメンバーまでご連絡ください。

ゲストセミナー

私たちの研究室では、通常の研究室セミナーの他に、不定期に外部から研究者をお招きしゲストセミナーを開催しています。ご興味のある方は、研究室外からでも、ご自由に参加ください。

ゲストセミナーの日程とゲストはこちら

本務・兼担・兼務先組織
東京大学
大学院理学系研究科・理学部生物科学専攻 および 生物情報科学科
大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻
大気海洋研究所地球表層圏変動研究センター生物遺伝子変動分野
研究室へのアクセス

研究室は東京都文京区の東京大学本郷地区キャンパス(浅野キャンパス)内にあります。

〒113-0032 東京都文京区弥生2-11-16 東京大学理学部3号館
本郷キャンパスマップ(理学部3号館)Google Maps(北緯35.7153度、東経139.7653度:理学部3号館)
(東京メトロ千代田線根津駅1番出口より徒歩6分)

※比較的迷いにくい道順のご案内:
根津駅1番出口を出るとすぐ右側に交差点があるので、標識にある「言問通り」をすぐに登り坂がある方へと進みます。登り坂を上がりきると信号がありますが、その少し手前、左手道路沿いに東京大学の大型車用の通用門があります。通用門から構内に入り、ビルとビルの合間を道なりに真っ直ぐ進んでいきます。途中、右手に武田先端知ビル、低温センター、情報基盤センターがあり、その先にある「理学部3号館」と玄関の上に書かれた建物になります。

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