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ゲストセミナー

岩崎研究室では、通常の研究室セミナーの他に、不定期に外部から研究者をお招きしゲストセミナーを開催しています。
ご興味のある方は、研究室外からでも、ご自由にご参加ください。

東京大学理学部3号館へのアクセス

こちらをご覧ください。

これからのゲストセミナー

<第15回>
2017年4月19日(水)15:00-16:00 理学部3号館310号室
Dr. Christophe Dessimoz (University of Lausanne, University College London, and Swiss Institute of Bioinformatics)
「Making the most of noisy, low-quality genomes」
概要:
Despite technological progress, most eukaryotic genomes remain stuck in draft quality. In theory, the more we know about the sequence universe, the easier characterising new genomes should be. Frustratingly however, integrating information across genomes of varying quality levels remains conceptually and practically challenging. In the talk, I will first present an evolutionary framework to address this problem, then I will show how this can be used to extract good sequences from different annotation sets, or to identify genes that might be associated with functional innovation or adaptation in the evolutionary history of these genomes. To address the issues of contamination, lateral gene transfer, or hidden paralogy, I will also present a process-agnostic method to cluster subsets of genes that have a common evolutionary history.

過去のゲストセミナー

<第14回(生物科学専攻公開ラボセミナー)>
2017年4月5日(水)15:00-16:00 理学部3号館310号室
松本悠貴氏(国立遺伝学研究所)
「マウスの従順性行動関連遺伝子座とイヌの家畜化との関連」
概要:
動物が人に対して馴れる行動(従順性行動)は、家畜化の過程で人為的な選択を受けてきたと考えられると同時に、複数の種において見られる行動であることから、行動の収斂についてのモデルになると考えられる。従順性行動に関わる遺伝子座を明らかにするため、発表者らは8つの野生由来マウス系統を交配させて樹立した野生由来ヘテロジニアスストックを用いて、従順性に対する選択交配を行ってきた。8世代にわたる選択交配の結果、選択集団は、対照集団よりも高い従順性を示した。SNPアレイにより、選択8世代目の集団と祖先系統の2万以上のSNP情報を得たのち、家系情報を考慮したシミュレーションを利用したゲノムスキャンを行った。このシミュレーションベースの解析と、その後のジェノタイプ-フェノタイプ関連解析の結果、11番染色体上に二つの候補遺伝子座を同定した。さらに、従順性が高い代表的な愛玩動物であるイヌにおいて、当該領域の行動への効果についても検討した。本発表では、これらの結果について議論したい。

<第13回>
2016年6月24日(金)16:30-18:00 理学部3号館412号室
川添明里博士(中外製薬株式会社バイオ医薬研究部)
「製薬業界を取り巻く現状と競合優位性の確立」
概要:
製薬業界は、企業間の競争の熾烈化やライフサイエンスの進化に伴うイノベーション創出機会が拡大される一方で、後発医薬品問題や薬価引き下げ策導入などにより、今後の成長は非常に厳しい状況となることが予想される。我々は、この厳しい現状で成長を続けるためには、競合優位性確保と継続した新薬創出が重要だと考えている。本セミナーではこのような業界の現状を紹介するとともに、競合優位性の確保に向けた取り組みを紹介する。

<第12回(生物科学専攻公開ラボセミナー)>
2016年4月22日(金)15:00-17:00 理学部3号館412号室
島田友裕博士(東京工業大学化学生命科学研究所)
「ひとつの生物の転写制御ネットワークを丸ごと理解するために」
概要:
生物はゲノムDNAから選択的に遺伝子を発現させることで、環境の変化に適応しています。遺伝情報の発現の調節は、主にDNAからRNAを合成する転写の段階で行われ、転写の制御はRNA合成装置のRNAポリメラーゼにシグマ因子および転写因子が相互作用することで行われます。近年のシークエンサー技術の発展により様々な生物のゲノムが明らかとなってきており、その生物がどのような遺伝子セットを持っているかは推測することが容易となってきました。その一方で、その遺伝子セットをどのように利用しているかという制御についてはゲノム情報のみからは明らかとすることができず、そのゲノム転写の制御システムを解明することは現在の先端的研究課題の一つとなっております。
そこで私たちは、転写制御因子のゲノム上の標的を直接的に同定するGenomic SELEX法を開発しました。この手法は、試験管内において精製したタンパク質と断片化されたゲノムDNAのライブラリーを混合し反応させた後、タンパク質と相互作用したDNA断片を増幅し、そのDNA配列を解析することで、タンパク質のゲノム上の結合領域、つまり標的遺伝子を同定する、というものです。Genomic SELEX法では直接的な影響と間接的な影響を区別して同定することが可能となり、転写制御の階層性を解明するための強力な手法といえます。
本セミナーでは、多数の転写制御因子について、その直接的な制御遺伝子を同定することにより、明らかとなりつつある大腸菌のゲノム転写制御のネットワークについてご紹介します。

<第11回(生物科学専攻公開ラボセミナー)>
2016年4月7日(木)10:00-12:00 理学部3号館310号室
按田瑞恵博士(大阪大学微生物病研究所)
「染色体上からリボソームRNA遺伝子の消えた細菌の発見」
概要:
リボソームRNAは、地球上で最初の生物が誕生して以来、全ての生物のタンパク質合成を直接担う生命の根幹をなす成分です。そのような必須成分の遺伝子は、安定に維持される染色体によって子孫に伝えられるものと信じられてきました。実際、既知の細菌ゲノムにおいて、リボソームRNA遺伝子(rrn)は最大のレプリコンである染色体に存在し、染色体マーカーとして使用されてきた歴史があります。
演者らは、ダイズ地上部の細菌叢解析から始まった研究過程で、rrnの存在しない主染色体(rrn-lacking chromosome, RLC)とrrnが存在するプラスミド(rrn-plasmid)から成る新規のゲノム構造を持つ細菌群Aureimonas ureilyticaを発見しました。本セミナーでは、その特徴や系統分布を紹介し、本ゲノム構造の誕生した進化過程について考察します。さらに、研究生活の様子や論文発表までにいたるストーリーなども交えて話す予定です。

<第10回(生物科学専攻公開ラボセミナー)>
2015年11月19日(木)16:00-17:30 理学部3号館412号室
深谷肇一博士(統計数理研究所)
「階層的なプロセスをモデル化する:階層モデルによるデータ解析」
概要: 
本発表では、生態学で「階層モデル」と呼ばれている一連の統計モデルを紹介する。階層モデルは、観測データを生成するプロセスの階層性が明示的にモデル化された統計モデルである。階層モデルでは生態プロセスと観測プロセスが区別される。これは、観測誤差を含むフィールドデータから関心のある生態プロセスの偏りの少ない推定を行なうために重要であるだけでなく、異なるデータを統合して精度の高い推測を実現したり、調査計画を検討する上でも大きな意味を持つ。
近年階層モデルは、捕獲再捕獲法データ、分布データ、個体群動態データなど、生態学研究で得られる様々なフィールドデータの解析に用いられており(ときに実験室のデータにも有用である)、また多様な拡張が盛んに開発、研究されている。発表ではこれらを概観するとともに、GL(M)Mなどの回帰モデルや状態空間モデル、階層ベイズモデルなど、よく知られた統計モデルとの関連を説明する。また、階層モデルを用いた研究例として、海産無脊椎動物の個体群動態データや魚類環境DNAのメタバーコーディングデータの解析例を紹介する。

<第9回(生物科学専攻公開ラボセミナー)>
2015年10月23日(金)16:00-17:30 理学部3号館310号室
安達大輝博士(国立極地研究所)
「海洋動物の行動・生態の解明―バイオロギング手法による最新の成果」
概要:
海の中で動物たちはどのように行動しているのか。彼らが海生生物で私達が陸上生物である限り、私達は自然界での彼らの行動を逐一自らの目で追いかけることはできません。では、何か別の形で彼らの行動を追うことはできないのか―この答えの一つがバイオロギング(Bio-logging)という手法です。動物に小型記録計を装着し、彼ら自身に自らのデータを取得してきてもらう。得られるデータは潜水深度、水温、体の動き(e.g. 加速度)など多岐に渡ります。
本発表では、バイオロギング手法について簡単にレビューしつつ、海棲哺乳類、及び潜水性海鳥(ペンギン等)において私達が明らかにした最新の成果をご紹介します。具体的には、主に、私の研究対象種であるゾウアザラシ類を例にとって、海洋動物の(1)遊泳・採餌行動と浮力との関係、(2)再構築した三次元遊泳軌跡から明らかにされた採餌行動特性、についてご紹介します。また、海洋動物の目線を小型ビデオカメラによって再現、その動画を深度・加速度データ等と併せて解析することで得られた最新の知見についてもご紹介致します。

<第8回(生物科学専攻公開ラボセミナー)>
2015年9月17日(木)15:00-16:30 理学部3号館412号室
土松隆志博士(東京大学大学院総合文化研究科生命環境科学系)
「集団ゲノムデータから探る自家交配の進化史:シロイヌナズナとその近縁種を例に」
概要:
植物における自家交配(自殖)とは,自己の花粉と胚珠によって種子をつくる繁殖様式である.自殖は近交弱勢を伴うものの,遺伝子の伝達効率の良さや一個体でも子孫を残せるという繁殖保証の有利さから,適応的な形質であると考えられてきた.自殖は被子植物の中で何度も繰り返し進化してきたことが知られている.自殖の平行進化はどのような突然変異によって起きるのか.それらの突然変異に普遍的な性質は見られるのか.自殖が進化すると植物の集団はどう変化していくのか.セミナーでは,集団ゲノムデータが蓄積したモデル植物シロイヌナズナとその近縁種を材料に,これらの問いにアプローチした私達の研究を紹介する.

<第7回(生物科学専攻公開ラボセミナー)>
2015年9月2日(水)10:30-12:00 理学部3号館412号室
豊島有博士(東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻)
「3次元的に密集した細胞核の高精度な自動認識手法」
概要:
線虫はすべての神経細胞とその配線が既知であり、神経ネットワークによる情報処理の動作原理を理解する上で有用である。近年の顕微鏡技術の発展により、線虫頭部の全神経の活動を同時に観察できるようになってきた。このデータを既知の神経ネットワークと対応付けるためには、画像中の180個以上の神経細胞を漏らさず認識する必要があるが、細胞同士が3次元的に密集しており、一般的な画像解析手法では近接した核をうまく分離できなかった。そこで本研究では、画像解析による細胞核の自動認識精度を向上させることを目指した。
本研究はCREST共同研究プロジェクト 「神経系まるごとの観測データに基づく神経回路の動作特性の解明」の一部である。神経回路の情報処理機構の動作原理を明らかにする上で、関連する諸分野についても紹介したい。

<第6回(生物科学専攻公開ラボセミナー)>
2015年3月18日(水)16:00-18:00 理学部3号館412号室
福島健児氏(基礎生物学研究所・総合研究大学院大学生命科学研究科)
「食虫植物における消化酵素の収斂進化」
概要:
複数の生物種が類似した環境へ適応する場合、機能的には同質だが相同性のない形質が独立に出現することがある。このようなプロセスは収斂進化(convergent evolution)と呼ばれ、鳥類とコウモリにおける飛翔能力の獲得や、サボテン科とトウダイグサ科における乾燥地適応など、生物全般に見られる現象である。被子植物における食虫植物の進化はその典型例であり、5つの目において食虫能力を持たない植物を祖先として独立に出現している。これらの植物は、動物を“食べる”ことで貧栄養環境へと適応しており、どの系統においても獲物の誘引・捕獲・消化・吸収を可能にする新奇形質を備える。
演者らは、繰り返し進化の遺伝的基盤を探るため、消化機能に着目して複数系統の食虫植物を対象に研究を進めてきた。その結果、(1)オルソログ関係にあるタンパク質が消化酵素として進化する傾向にあること、(2)独立の系統で収斂的なアミノ酸置換が蓄積していることなどが明らかとなった。発表では、消化酵素の解析から見えてきた遺伝子レベルでの進化的共通性について紹介し、収斂進化を駆動するメカニズムについて議論したい。

<第5回>
2015/2/18(水) 13:30- 理学部3号館412号室
佐々木浩博士(東京大学分子細胞生物学研究所) HP
「ショウジョウバエRNAi酵素複合体形成における基本過程の解明」
概要:
small interfering RNAs(siRNAs)やmicroRNAs(miRNAs)といった20〜30塩基長の小分子RNA(small RNA)を介して、相補的な配列領域をもつmRNAの発現が抑制されるRNAサイレンシングは、真核生物に広く保存された転写後発現調節機構です。RNAサイレンシングにおいて小分子RNAは、Argonaute(Ago)タンパク質とともに、RNA-induced silencing complexes(RISCs)と呼ばれる複合体を形成して機能します。これまでRISCの形成過程については、ショウジョウバエAgo2をモデルに遺伝学的・生化学的解析が進められ、RISC形成がRNA二本鎖の積み込みと、続いて起きるパッセンジャー鎖の排出の2段階からなること、またRNA二本鎖の積み込みにDicer-2/R2D2ヘテロダイマーやHsp70/Hsp90シャペロンマシナリーが必要であることが明らかになっていました。しかし、不安定な中間状態を生化学的・構造生物学的に捉えることは困難であり、RISC形成過程をこれ以上詳細に調べることは限界に達していました。
そこで私たちはショウジョウバエAgo2-RISCの試験管内完全再構成系を確立し、全反射顕微鏡法と組み合わせることで、RISC形成過程の1分子レベルでリアルタイム観察に世界で初めて成功しました。その結果、シャペロンマシナリー非存在下で、Dicer-2/R2D2/siRNA複合体がAgo2に結合と解離を繰り返すことを見いだしました。さらに、シャペロンマシナリー存在下でガイド鎖5’リン酸基の認識が起きることで、Dicer-2/R2D2/siRNA複合体のAgo2上の滞在時間が延長し、siRNA二本鎖の積み込みが促進されることを明らかにしました。
本セミナーでは、RISC形成1分子イメージングの研究成果について、これまでの経緯や苦労話も交えつつ紹介します。

<第4回>
2015/1/8(木) 15:00- 理学部3号館412号室
小野田雄介博士(京都大学大学院農学研究科) HP
「植物形質データを利用した マクロ生態学的解析 」

<第3回>
2014/11/12(水) 13:00- 理学部3号館412号室
青木誠志郎博士(東京大学大学院総合文化研究科)
「Study of the origin and evolution of rhizobia」

<第2回>
2014/11/10(月) 13:00- 理学部3号館310号室
山崎洋人氏(慶應義塾大学大学院理工学研究科)

<第1回>
2014/6/11(水) 16:30- 理学部3号館310号室
吉澤晋博士(東京大学大気海洋研究所)
畠山理広博士(Department of Biology, Brandeis University, USA)