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Journal Papers

Reprint PDFs are available upon request. Asterisks indicate equal contributions. Each entry is followed by short introduction in Japanese.
A more concise publication list without Japanese introductions is here.

PubMed

50.
Shotaro Hirase, Sherrie Chambers, Kathryn Hassell, Melissa Carew, Vincent Pettigrove, Kiyoshi Soyano, Masaki Nagae, and Wataru Iwasaki.
Phylogeography of the yellowfin goby Acanthogobius flavimanus in native and non-native distributions.
Marine Biology, 164, 106. (2017)

  • DOI: 10.1007/s00227-017-3137-6
  • 非在来種の環境への移入は、生態系にとって最も重要な脅威の一つです。そのような非在来種の環境への移入がどのように起こったかを明らかにする上では、移入前の在来種と移入後の非在来種の遺伝子データの比較解析が有効です。この研究では、北東アジアからアメリカやオーストラリアに移入した生物種であるマハゼについて、ミトコンドリアDNAデータを解析することで、マハゼが新たな環境に移入して集団サイズを増大させてきた過程を解析しました。

49. (Review in Japanese)
岩崎渉
バイオインフォマティクスの全体像
実験医学35,713-719.(2017)

  • 実験医学増刊『生命科学で使える はじめての数理モデルとシミュレーション』(鈴木貴・久保田浩行/編)収録(pp. 53-59)。この総説では、バイオインフォマティクスに関する全体像を把握し、そこで必要とされる基本的な技術や考え方を身につけるための道筋について概説しています。
  • Publisher / Amazon.co.jp

48.
Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki.
Inactivity periods and postural change speed can explain atypical postural change patterns of Caenorhabditis elegans mutants.
BMC Bioinformatics, 18, 46. (2017)

  • DOI: 10.1186/s12859-016-1408-8 / PubMed: 28103804
  • ゲノム研究が急速に発展する一方で、それらのゲノムを最終的に表現型に結びつけていく上でこれから鍵を握ってくると考えられるのが、動物行動など生物の表現型のバイオインフォマティクス解析です。この研究では、この分野におけるモデル生物である線虫C. elegans322株の姿勢を混合ガウス分布を用いて離散的な状態の確率的な重ね合わせとして表現しました。これによって、線虫の行動解析においては静止時間と姿勢変化速度の2つの要素を考慮することが重要であることを明らかにするとともに、配列類似性検索では予測できない新規の遺伝子機能類似性を我々のアプローチによって推定できることを示しました。

47.
Koji Yano, Seishiro Aoki, Meng Liu, Yosuke Umehara, Norio Suganuma, Wataru Iwasaki, Shusei Sato, Takashi Soyano, Hiroshi Kouchi and Masayoshi Kawaguchi.
Function and evolution of a Lotus japonicus AP2/ERF family transcription factor that is required for development of infection threads.
DNA Research, published online. (2017)

  • DOI: 10.1093/dnares/dsw052 / PubMed: 28028038
  • マメ科植物と根粒菌による根粒共生は、地球生態系で大きな役割を果たすのみならず、生物共生がどのように分子レベルで進化するかのモデルとしても重要な研究対象です。この研究では、変異体スクリーニングにより、根粒形成過程においてミヤコグサのAP2/ERF転写因子が重要な働きをすることを明らかにしました。さらに、この発見をもとに多種の植物ゲノム情報を用いた分子系統解析を行い、この転写因子が過去に遺伝子重複を起こした後に機能分化をした可能性について論じています。

46.
Yoshio Takei, Marty Kwok-Shing Wong, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Makoto Kusakabe.
Molecular mechanisms underlying active desalination and low water permeability in the esophagus of eels acclimated to seawater.
American Journal of Physiology - Regulatory, Integrative and Comparative Physiology, 312, R231-R244. (2017)

  • DOI: 10.1152/ajpregu.00465.2016 / PubMed: 28003213
  • Introductory Article: Molecular physiological exploration beyond the transcriptome., American Journal of Physiology - Regulatory, Integrative and Comparative Physiology, 312, R229–R230. (2017)
  • 魚類は海水中では自らよりも浸透圧の高い海水を飲むことによって水分を取り込みますが、その過程では食道でNaClを吸収することが大きな役割を果たします。しかし、その分子メカニズムの多くはまだ良くわかっていません。この研究では、両環境を行き来できる広塩性魚類であるウナギ食道のトランスクリプトーム解析を行い、その巧みな浸透圧調節メカニズムに関わる遺伝子群を明らかにしました。

45.
Hideki Terajima, Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Shigeki Shimba, Shinya Kuroda, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada.
ADARB1 catalyzes circadian A-to-I editing and regulates RNA rhythm.
Nature Genetics, 49, 146-151. (2017)

  • DOI: 10.1038/ng.3731 / PubMed: 27893733
  • 生体の諸活動に見られる該日リズムの背後では、多くのmRNAがリズミックな調節を受けています。その制御の仕組みについて多くの研究がなされてきましたが、近年の超並列型シーケンサーを用いた研究の進展によって、これまで考えられてきた教科書的な転写翻訳フィードバックモデルでは説明できないことが明らかになりつつあります。本研究ではA-to-I RNA編集を行う酵素であるADAR2/ADARB1がリズミックに制御されていることを網羅的なデータ解析によって発見し、哺乳類の該日時計制御において、転写後のRNA上の遺伝情報の書き換えが重要な役割を果たすことを明らかにしました。

44. (Review in Japanese)
岩崎渉
遺伝子発現ネットワークとバイオインフォマティクス
医学のあゆみ259,865-869.(2016)

  • Publisher / Amazon.co.jp
  • 医学のあゆみ2016年11月19日号(あゆみ「インタラクトーム医科学」)収録。広範な生命現象を制御している遺伝子発現ネットワークを解明するうえで重要なバイオインフォマティクス解析のうち、特に次世代シーケンサーによって得られたデータの解析を中心に概説しています。

43.
Sira Sriswasdi, Masako Takashima, Ri-ichiroh Manabe, Moriya Ohkuma, Takashi Sugita, and Wataru Iwasaki.
Global deceleration of gene evolution following recent genome hybridizations in fungi.
Genome Research, 26, 1081-1090. (2016)

  • DOI: 10.1101/gr.205948.116 / PubMed: 27440871
  • Press Release: Grad Sch Sci of UTokyo (in Japanese) / RIKEN BRC (in Japanese)
  • Featured in Kagaku Kogyo Nippo newspaper (July 21, 2016).
  • 異なる生物種のゲノムが混ざり合ったハイブリッドゲノムは生命の設計図であるゲノムを大幅に変化させ、生命進化の可能性を大きく広げる潜在力を持ちますが、ハイブリッドゲノムが新たな生物種のゲノムとして受け継がれていくまでに安定化する仕組みは良くわかっていません。この研究では、近縁種で2度独立にハイブリッドゲノムが生じたトリコスポロン属酵母のゲノム解析を行い、その安定化に遺伝子の進化速度の低下や転写・翻訳に関わる遺伝子の欠失が関わっていることを明らかにしました。

42.
Shotaro Hirase, Yusuke Yokoyama, Cin-Ty Leed, and Wataru Iwasaki.
The Pliocene-Pleistocene transition had dual effects on north American migratory bird speciation.
Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 462, 85-91. (2016)

  • DOI: 10.1016/j.palaeo.2016.09.006
  • 地球環境の大規模な変動は生物進化に深い影響を与えると考えられます。とりわけ、約250万年前の鮮新世・更新世境界後に激しさを増した氷床の拡大と後退の繰り返しは、現在見られる個々の生物の進化のみならず、それらの進化のトレンドそのものに包括的な影響を与えた可能性があります。この研究では、北アメリカの渡り鳥に関するメタ系統学解析を行うことにより、鮮新世・更新世境界後には渡り鳥同士の種分化が予想通り加速されていた一方で、留鳥と渡り鳥の間の種分化は予想と異なり加速されていないことを見いだしました。

41.
Shotaro Hirase, Minoru Ikeda, Shun Hayasaka, Wataru Iwasaki, and Akihiro Kijima.
Stability of genetic diversity in an intertidal goby population after exposure to tsunami disturbance.
Marine Ecology, 37, 1161-1167. (2016)

  • DOI: 10.1111/maec.12377
  • 一般に巨大津波は沿岸生態系に大きな影響を及ぼし、その生物多様性を大きく減少させると考えられます。この研究では、宮城県牡鹿半島の岩礁帯に生息するアゴハゼ集団を用いて、2011年の東北津波前後での遺伝的多様性の変化を検証しました。その結果、驚くべきことに、予想に反して津波後の遺伝的多様性の減少は見られませんでした。自然撹乱の生態系への影響は実に複雑であり、今後より多くの生物種やサンプルを用いて検証していく必要があります。

40.
Marty Kwok-Shing Wong, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Yoshio Takei.
Flexible selection of diversified Na+/K+-ATPase α-subunit isoforms for osmoregulation in teleosts.
Zoological Letters, 2, 15. (2016)

  • DOI: 10.1186/s40851-016-0050-7 / PubMed: 27489726
  • Na+/K+-ATPアーゼ (NKA)は、多くの動物で膜電位や浸透圧調整に大きな役割を果たしている酵素です。真骨魚類ゲノム中には複数のNKAパラログ遺伝子が存在しており、広塩性の魚の一部は海水中と淡水中でそれらを使い分けていることがわかっていましたが、そういった使い分けが進化上どのように生じたかは不明でした。この研究では、RNA-Seq解析と進化系統解析によってその進化的背景を明らかにするとともに、混乱していたパラログの命名法の修正を提案しています。

39. (Review)
Satoshi Hiraoka, Ching-chia Yang, and Wataru Iwasaki.
Metagenomics and bioinformatics in microbial ecology: Current status and beyond.
Microbes and Environments, 31, 204-212. (2016)

  • DOI: 10.1264/jsme2.ME16024 / PubMed: 27383682
  • メタゲノム解析は難培養性の微生物も含めて微生物叢の全体像に光を当てるアプローチとしてすでに当然のものとなり、バイオインフォマティクスは大規模データを前提とした微生物生態学において不可欠な役割を果たしています。一方で、今後の本分野の展開を考えるならば、これらの解析に現状で存在する多くの限界についてもまた、目を向けないわけにはいきません。この総説では、特に後者の観点を重視しつつ、微生物生態学におけるメタゲノム解析とバイオインフォマティクスの現状を概観するとともに、今後の展開について論じています。

38.
Toshiaki Hosaka, Susumu Yoshizawa, Yu Nakajima, Noboru Ohsawa, Masakatsu Hato, Edward F. DeLong, Kazuhiro Kogure, Shigeyuki Yokoyama, Tomomi Kimura-Someya, Wataru Iwasaki (Co-Corresponding Author), and Mikako Shirouzu.
Structural mechanism for light-driven transport by a new type of chloride ion pump, Nonlabens marinus rhodopsin-3.
Journal of Biological Chemistry, 291, 17488-17495. (2016)

  • DOI: 10.1074/jbc.M116.728220 / PubMed: 27365396
  • Selected as Papers of the Week of Journal of Biological Chemistry (representing the top-2% overall importance).
  • 海洋細菌Nonlabens marinusのゲノム情報から発見された新たな微生物型ロドプシンは、塩化物イオンを細胞膜内向きにポンプする機能を持っているものの、同様の機能を持つ既知のロドプシンであるハロロドプシンとは進化系統的に大きく異なっていました。この研究では、その3次元構造を解析することにより、機能的には大きく異なるナトリウムイオンを外向きにポンプする微生物型ロドプシンと実は良く似ていることを明らかにしました。

37.
Shotaro Hirase, Hirohiko Takeshima, Mutsumi Nishida, and Wataru Iwasaki.
Parallel mitogenome sequencing alleviates random rooting effect in phylogeography.
Genome Biology and Evolution, 8, 1267-1278. (2016)

  • DOI: 10.1093/gbe/evw063 / PubMed: 27016485
  • Press Release: Sch Sci of UTokyo (in Japanese) / AORI of UTokyo (in Japanese)
  • Introductory Article: Sch Sci of UTokyo (in Japanese)
  • 分子系統樹から時間軸に関する情報を取り出すために欠かせないのが、外群を用いて分子系統樹の根を決定する「ルーティング」です。ルーティングは一般の分子系統解析においてもしばしば困難ですが、なかでも近縁の集団間の空間的・時間的な関係性を明らかにすることを目指す分子系統地理学においては、外群から集団内変異についての時間的な情報を得ることがしばしば本質的に難しいという問題があります(ランダムルーティング効果)。この研究では、超並列シーケンサを用いた高速度・低コストなミトコンドリアゲノムシーケンスによってこの問題を緩和できるとともに、新たな地域系統の発見など重要な知見が得られることを示しました。

36.
Haruka Ozaki and Wataru Iwasaki.
MOCCS: clarifying DNA-binding motif ambiguity using ChIP-Seq data.
Computational Biology and Chemistry, 63, 62-72. (2016)

  • DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2016.01.014 / PubMed: 26971251
  • MOCCS for ChIP-Seq Analysis
  • Accepted for a conference paper presentation at 14th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2016).
  • ゲノム配列にコードされた遺伝子ネットワークの構造、機能、進化を解明するためには、遺伝子発現制御を司る転写因子がどのようにDNA配列を認識しているかを網羅的かつ正確に明らかにすることが必要です。この研究では、そのためのバイオインフォマティクス手法MOCCS (Motif Centrality Analysis of ChIP-Seq) を開発・公開するとともに、シミュレーションデータおよび実データを用いた性能の評価を行いました。

35.
Satoshi Hiraoka, Asako Machiyama, Minoru Ijichi, Kentaro Inoue, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure, and Wataru Iwasaki.
Genomic and metagenomic analysis of microbes in a soil environment affected by the 2011 Great East Japan Earthquake Tsunami.
BMC Genomics, 17, 53. (2016)

  • DOI: 10.1186/s12864-016-2380-4 / PubMed: 26764021
  • Introductory Article: Sequencing Study Finds Microbial Changes in Japan's Soil Following Tsunami, genomeweb (19 Jan, 2016).
  • 2011年の東北地方太平洋沖地震に伴う津波では海岸の生態系が一変し、土壌微生物生態系も大きな影響を受けました。この研究では、津波を受けた東北沿岸土壌から複数のArthrobacter属細菌を単離培養し、それらのゲノム配列に共通した変化が見られること、また、土壌メタゲノム解析の結果が土壌化学分析の結果と整合的であることなどを明らかにしました。

34. (Review in Japanese)
岩崎渉,佐藤行人,源利文,山中裕樹,荒木仁志,宮正樹.
環境DNA解析のインパクト
実験医学34,103-107.(2016)

  • Publisher / Amazon.co.jp
  • 実験医学2016年1月号収録。これまでは迫ることが難しかった、生態系の全体像を捉えるための強力かつ新たな方法論として注目が高まっている「環境DNA」について、その研究の動向を簡単にまとめるとともに、環境DNAを一網打尽にできるユニバーサルプライマーの開発など最新の展開について論じた総説です。

33. (Review in Japanese)
岩崎由香,岩崎渉
ncRNAのバイオインフォマティクス解析
実験医学33,3379-3384.(2015)

  • Publisher / Amazon.co.jp
  • 実験医学増刊『ノンコーディングRNAテキストブック 最新の医学・創薬研究、方法論とマイルストーン論文200報』(塩見美喜子・中川真一・浅原弘嗣/編)収録(pp. 183-188)。この総説では、ノンコーディングRNAのバイオインフォマティクス解析の典型的なワークフローを解説するとともに、今後の技術開発展望について概観しています。

32.
Masako Takashima, Ri-ichiroh Manabe, Wataru Iwasaki, Akira Ohyama, Moriya Ohkuma, and Takashi Sugita.
Selection of orthologous genes for construction of a highly resolved phylogenetic tree and clarification of the phylogeny of Trichosporonales species.
PLOS ONE, 10, e0131217. (2015)

  • DOI: 10.1371/journal.pone.0131217 / PubMed: 26241762
  • 菌類の分類体系は系統樹と表現型の双方によって構築されてきましたが、近年、例えば有性世代と無性世代の形態学的特徴が使用できなくなったことなどからゲノムデータを利用して分類体系を見直すことが求められつつあります。この研究では、担子菌門Trichosporonales目を例として、ゲノムデータに基づいた分子系統解析手法を提案しました。

31.
Masaki Miya, Yukuto Sato, Tsukasa Fukunaga, Tetsuya Sado, Jan Yde Poulsen, Keiichi Sato, Toshifumi Minamoto, Satoshi Yamamoto, Hiroki Yamanaka, Hitoshi Araki, Michio Kondoh, and Wataru Iwasaki.
MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species.
Royal Society Open Science, 2, 150088. (2015)

  • DOI: 10.1098/rsos.150088 / PubMed: 26587265
  • Press Release: Sch Sci of UTokyo (in Japanese) / JST (in Japanese)
  • Featured in NHK news (July 22, 2015) and several newspapers (Nikkei Shimbun, Nikkei Sangyo Shimbun, Asahi Shimbun, Yomiuri Shimbun, Okinawa Times, Ryukyu Shimpo, Chiba Nippo, etc.).
  • 環境サンプル中には微生物のみならず大型生物が痕跡として残すDNAが存在することが最近明らかになり、「環境DNA」として注目が集まっています。この研究では、環境水中に存在する多様な魚類の環境DNAを超並列シーケンサーによって一網打尽に解析し、魚類生態系の全貌を明らかにするためのツールとして、魚類ミトコンドリアゲノムの網羅的解析に基づいたユニバーサルプライマーMiFishを開発しました。

30.
Hirotsugu Ishizu, Yuka W. Iwasaki, Shigeki Hirakata, Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, Haruhiko Siomi, and Mikiko C. Siomi.
Somatic primary piRNA biogenesis driven by cis-acting RNA elements and trans-acting Yb.
Cell Reports, 12, 429-440. (2015)

  • DOI: 10.1016/j.celrep.2015.06.035 / PubMed: 26166564
  • piRNAは真核生物ゲノムの大部分を占めるトランスポゾンの活性化を抑える重要な小分子RNAです。この研究では、piRNAの前駆体となる転写産物をpiRNA生合成経路へと導く機能を持つシスエレメントを同定し、CLIP-Seq解析などを行うことでYbタンパク質がシスエレメントの特異的な配列や構造を認識する分子機能モデルを提唱しています。

29.
Mio Takeuchi, Takao Yamagishi, Yoichi Kamagata, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Taiki Katayama, Satoshi Hanada, Hideyuki Tamaki, Katsumi Marumo, Hiroto Maeda, Munetomo Nedachi, Wataru Iwasaki, Yuichi Suwa, and Susumu Sakata.
Tepidicaulis marinus gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium reducing nitrate to nitrous oxide strictly under microaerobic conditions.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 65, 1749-1754. (2015)

  • DOI: 10.1099/ijs.0.000167 / PubMed: 25740933
  • 亜酸化窒素(N2O)はオゾン層破壊や地球温暖化の原因となることから、どのような微生物が亜酸化窒素の生成・消費に関わり、そしてどの程度地球上に存在しているかを解明することが生物地球化学的循環の理解に重要となります。この研究では、これまでほとんど未知であった海洋の好気環境における脱窒反応に着目し、微好気的に亜酸化窒素を生成する新規微生物を分離するとともにそのゲノム解析について報告しています。

28. (Review in Japanese)
福永津嵩,岩崎渉
Computational Ethology:バイオインフォマティクスと動物行動学の融合
領域融合レビュー4,e003.(2015)

  • DOI: 10.7875/leading.author.4.e003
  • ゲノム配列などのオーミクスデータ解析を中心に発展してきたバイオインフォマティクスの新たな関連分野として、いま、動物行動学(Ethology)と情報科学が融合した新たな分野「Computational Ethology」が現れつつあります。バイオイメージインフォマティクスやバイオロギングサイエンスとも関わりの深いこの新しい分野についての総説です。

27.
Tsukasa Fukunaga, Shoko Kubota, Shoji Oda, and Wataru Iwasaki.
GroupTracker: Video tracking system for multiple animals under severe occlusion.
Computational Biology and Chemistry, 57, 39-45. (2015)

  • DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2015.02.006 / PubMed: 25736254
  • Supplementary Movies: Supplementary Movies for GroupTracker Paper
  • Accepted for a conference paper presentation at 13th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2015).
  • 生物画像・動画データを対象としたバイオインフォマティクス分野は「バイオイメージインフォマティクス」と呼ばれ、複雑な表現型を定量するための決定的なアプローチとして期待が高まっています。この研究では、画像データへの混合ガウス分布のフィッティング手法を工夫することにより、複数の動物個体を撮影した動画から各個体のトラッキングを行うソフトウェアGroupTrackerを開発しました。

26. (Review in Japanese)
尾崎遼,岩崎渉
NGSデータ解析
実験医学32,3197-3202.(2014)

  • Publisher / Amazon.co.jp
  • 実験医学増刊『今日から使える!データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100』(内藤雄樹/編)収録(pp. 36-41)。RNA-Seq・ChIP-Seqデータ解析を例に、いわゆる次世代シーケンサデータのバイオインフォマティクス解析の実際やそのために必要な環境について解説した総説です。

25.
Marty Kwok-Shing Wong, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Yoshio Takei.
Discovery of osmotic sensitive transcription factors in fish intestine via a transcriptomic approach.
BMC Genomics, 15, 1134. (2014)

  • DOI: 10.1186/1471-2164-15-1134 / PubMed: 25520040
  • 魚類は海水中では自らよりも浸透圧の高い水を飲み、一方で淡水中では自らよりも浸透圧の低い水を飲みますが、そういった両極端な環境にどのようにして適応できているのか、その分子メカニズムの多くはまだ良くわかっていません。この研究では、両環境を行き来できる広塩性魚類であるメダカのトランスクリプトーム解析を行い、その巧みな浸透圧調節メカニズムに関わる遺伝子群を明らかにしました。

24.
Shotaro Hirase*, Haruka Ozaki*, and Wataru Iwasaki.
Parallel selection on gene copy number variations through evolution of three-spined stickleback genomes.
BMC Genomics, 15, 735. (2014)

  • DOI: 10.1186/1471-2164-15-735 / PubMed: 25168270
  • ゲノムの進化を生物の表現型と結びつけていくことはゲノム進化学における重要な目的ですが、そこでは、両者の関連性を強く示唆する「正の選択」を検出することが有効です。一塩基置換レベルでの正の選択を検出してきたこれまでの研究に対して、この研究では、生物集団のゲノム中の「コピー数多型に対する正の選択」を、海水性から淡水性への平行進化を起こした魚類であるイトヨのゲノムデータを用いて検証しました。

23.
Mio Takeuchi, Yoichi Kamagata, Kenshiro Oshima, Satoshi Hanada, Hideyuki Tamaki, Katsumi Marumo, Hiroto Maeda, Munetomo Nedachi, Masahira Hattori, Wataru Iwasaki, and Susumu Sakata.
Methylocaldum marinum sp. nov., a novel thermotolerant methane oxidizing bacterium isolated from marine sediments.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 64, 3240-3246 (2014)

  • DOI: 10.1099/ijs.0.063503-0 / PubMed: 24981325
  • 温室効果ガスでもあるメタンを環境中のどのような微生物が生成・消費しているかを解明することは、メタンの生物地球化学的循環を理解する上で基盤的な知識を与えます。この研究では、「たぎり」と呼ばれるメタンを排出する熱水噴出孔の存在が知られている鹿児島湾の海底堆積物から好気性メタン酸化細菌を単離し、Methylocaldum属における最初の海洋性細菌として報告しました。

22.
Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Wataru Iwasaki, and Kazuhiro Kogure.
Complete genome sequence of Winogradskyella sp. strain PG-2, a proteorhodopsin-containing marine flavobacterium.
Genome Announcements, 2, e00490-14. (2014)

  • DOI: 10.1128/genomeA.00490-14 / PubMed: 24874677
  • 近年、微生物による新たな光エネルギーの利用機構としてプロテオロドプシンへの注目が高まっています。この論文では、プロテオロドプシン遺伝子を持つ海洋性フラボバクテリアWinogradskyella sp.の全ゲノム配列解析結果について報告しました。

21. (Commentary)
Sebastian J. Schultheiss, Joshua SungWoo Yang, Wataru Iwasaki, Shu-Hsi Lin, Angela Jean, and Magali Michaut
Crossing borders for science.
PLOS Computational Biology, 10, e1003519. (2014)

  • DOI: 10.1371/journal.pcbi.1003519 / PubMed: 24675824
  • 若手研究者育成における国を超えた交流の重要性について、若手国際会議AYRCOB (Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology)を主催した経験などをもとに、ドイツ・韓国・台湾・シンガポール・オランダの仲間と寄稿しました。

20.
Susumu Yoshizawa, Yohei Kumagai, Hana Kim, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Iwasaki, Edward F. DeLong, and Kazuhiro Kogure.
Functional characterization of flavobacteria rhodopsins reveals a unique class of light-driven chloride pump in bacteria.
Proc Natl Acad Sci U S A, 111, 6732-6737. (2014)

  • DOI: 10.1073/pnas.1403051111 / PubMed: 24706784
  • Introductory Article: Nature’s toolkit for microbial rhodopsin ion pumps, Proc Natl Acad Sci U S A, 111, 6538-6539. (2014)
  • Press Release: AORI of UTokyo (in Japanese)
  • プロテオロドプシンの発見以降、微生物型ロドプシンによる光エネルギーの利用は地球規模で果たす役割も大きく、また、その機能や進化的背景が豊かなことから注目が集まっています。この研究では、海洋細菌Nonlabens marinusの全ゲノム解析によって、塩化物イオンをポンプするという新たな光エネルギー利用形態を司る微生物型ロドプシンを発見しました。

19.
Hikari Yoshitane*, Haruka Ozaki*, Hideki Terajima*, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki (Co-Corresponding Author), and Yoshitaka Fukada.
CLOCK-controlled polyphonic regulations of circadian rhythms through canonical and non-canonical E-boxes.
Molecular and Cellular Biology, 34, 1776-1787. (2014)

  • DOI: 10.1128/MCB.01465-13 / PubMed: 24591654
  • Introductory Article: Articles of Significant Interest Selected from This Issue by the Editors, Molecular and Cellular Biology, 34, 1721. (2014)
  • Press Release: UTokyo (in Japanese) / UTokyo (in English)
  • 転写因子CLOCKは哺乳類の該日時計制御で中心的な機能をはたす転写因子ですが、個別の制御機構の解析に対して、ゲノムレベルでの包括的な解析は十分になされていませんでした。この研究では、RNA-Seq、ChIP-Seq、small RNA-Seqデータを詳細に解明することにより、CLOCKが認識する新規DNAモチーフを複数発見したほか、転写因子やマイクロRNAを介した概日時計の制御メカニズムを解明しました。

18. (Review)
Toshiaki Katayama, Mark D Wilkinson, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Shuichi Kawashima, Yasunori Yamamoto, Atsuko Yamaguchi, Shinobu Okamoto, Shin Kawano, Jin-Dong Kim, Yue Wang, Hongyan Wu, Yoshinobu Kano, Hiromasa Ono, Hidemasa Bono, Simon Kocbek, Jan Aerts, Yukie Akune, Erick Antezana, Kazuharu Arakawa, Bruno Aranda, Joachim Baran, Jerven Bolleman, Raoul JP Bonnal, Pier Luigi Buttigieg, Matthew P Campbell, Yi-an Chen, Hirokazu Chiba, Peter JA Cock, Kevin B Cohen, Alexandru Constantin, Geraint Duck, Michel Dumontier, Takatomo Fujisawa, Toyofumi Fujiwara, Naohisa Goto, Robert Hoehndorf, Yoshinobu Igarashi, Hidetoshi Itaya, Maori Ito, Wataru Iwasaki, Matús Kalas, Takeo Katoda, Taehong Kim, Anna Kokubu, Yusuke Komiyama, Masaaki Kotera, Camille Laibe, Hilmar Lapp, Thomas Lütteke, M Scott Marshall, Takaaki Mori, Hiroshi Mori, Mizuki Morita, Katsuhiko Murakami, Mitsuteru Nakao, Hisashi Narimatsu, Hiroyo Nishide, Yosuke Nishimura, Johan Nystrom-Persson, Soichi Ogishima, Yasunobu Okamura, Shujiro Okuda, Kazuki Oshita, Nicki H Packer, Pjotr Prins, Rene Ranzinger, Philippe Rocca-Serra, Susanna Sansone, Hiromichi Sawaki, Sung-Ho Shin, Andrea Splendiani, Francesco Strozzi, Shu Tadaka, Philip Toukach, Ikuo Uchiyama, Masahito Umezaki, Rutger Vos, Patricia L Whetzel, Issaku Yamada, Chisato Yamasaki, Riu Yamashita, William S York, Christian M Zmasek, Shoko Kawamoto, and Toshihisa Takagi.
BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains.
Journal of Biomedical Semantics, 5, 5. (2014)

  • DOI: 10.1186/2041-1480-5-5 / PubMed: 24495517
  • ライフサイエンス統合データベースセンターが主催するライフサイエンス分野における情報技術者・研究者向けのハッカソン形式の国際会議「BioHackathon」における様々な開発成果を紹介した総説です。

17.
Ching-chia Yang and Wataru Iwasaki.
MetaMetaDB: A database and analytic system for investigating microbial habitability.
PLOS ONE, 9, e87126. (2014)

  • DOI: 10.1371/journal.pone.0087126 / PubMed: 24475242
  • MetaMetaDB Website
  • 近年、世界中の研究者によって様々な環境のメタゲノムデータやアンプリコンシーケンスデータが収集され続けていますが、それらの貴重なデータの再利用は進んでいません。この研究では、それらを収集して再利用しやすくまとめたメタデータベースMetaMetaDBを開発し、微生物の生息環境の推測やメタゲノムデータの環境レベルでの解析に用いることができるように整備しました。

16.
Tsukasa Fukunaga, Haruka Ozaki, Goro Terai, Kiyoshi Asai, Wataru Iwasaki, and Hisanori Kiryu
CapR: revealing structural specificities of RNA-binding protein target recognition using CLIP-seq data.
Genome Biology, 15, R16. (2014)

  • DOI: 10.1186/gb-2014-15-1-r16 / PubMed: 24447569
  • Introductory Article: Shape over sequence in the RBPome, Biome (23 Jan, 2014).
  • Selected as the cover of the 2014 RBPome special issue of Genome Biology.
  • RNAの機能には二次構造が重要であり、予測のためのプログラムも数多く開発されています。しかしながらこの問題には、実際にはRNAの二次構造は極めてゆらぎやすく、一つの二次構造で代表することはそもそも難しいという本質的な困難があります。CLIP-Seqデータに対してCapRを用いることで、あるRNA分子が取りうる二次構造全体を正確に評価し、RNA結合タンパク質が認識する二次構造モチーフを発見することができます。

15. (Commentary)
Teresa Szczepinska, Wataru Iwasaki, and Thomas Abeel.
The spirit of competition: To win or not to win.
PLOS Computational Biology, 9, e1003413. (2013)

  • DOI: 10.1371/journal.pcbi.1003413 / PubMed: 24385894
  • 若手研究者の育成におけるコンペティションの有用性について、若手国際会議AYRCOB (Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology)主催の経験などをもとに、ポーランド・米国の仲間と寄稿しました。

14.
Seishiro Aoki, Motomi Ito, and Wataru Iwasaki.
From beta- to alpha-proteobacteria: the origin and evolution of rhizobial nodulation genes nodIJ.
Molecular Biology and Evolution, 30, 2494-2508. (2013)

  • DOI: 10.1093/molbev/mst153 / PubMed: 24030554
  • マメ科植物と共生し窒素固定を行う根粒菌は過去から現在までの地球生態系において極めて重要な役割を果たしてきましたが、その進化的起源についてはまだ謎が多く、論争が続いています。この研究では、大規模なゲノム情報を活用することで、根粒菌が持つ遺伝子nodIJの起源がαプロテオバクテリアではなくβプロテオバクテリアにあることを明らかにし、根粒菌の起源に関するこれまでの定説を見直す必要性を指摘しました。

13.
Wataru Iwasaki, Tsukasa Fukunaga, Ryota Isagozawa, Koichiro Yamada, Yasunobu Maeda, Takashi P. Satoh, Tetsuya Sado, Kohji Mabuchi, Hirohiko Takeshima, Masaki Miya, and Mutsumi Nishida.
MitoFish and MitoAnnotator: A mitochondrial genome database of fish with an accurate and automatic annotation pipeline.
Molecular Biology and Evolution, 30, 2531-2540. (2013)

  • DOI: 10.1093/molbev/mst141 / PubMed: 23955518
  • mitofish MitoFish and MitoAnnotator Website
  • mitofish Selected as the cover of the November 2013 issue of Mol Biol Evol.
  • ミトコンドリアゲノムデータは動物の進化の歴史を辿る上で非常に有用ですが、アノテーションが難しいことなどから、大規模な比較解析を可能にするためのリソースを整備することが急務でした。この研究では、魚類の進化や生態に興味を持つ研究者にとって広く有用な魚類ミトコンドリアゲノムデータベースMitoFish、および正確かつ高速な自動アノテーションプログラムMitoAnnotatorを開発しました。

12.
Masaki Miya, Matt Friedman, Takashi P. Satoh, Hirohiko Takeshima, Tetsuya Sado, Wataru Iwasaki, Yusuke Yamanoue, Masanori Nakatani, Kohji Mabuchi, Jun G. Inoue, Jan Yde Poulsen, Tsukasa Fukunaga, Yukuto Sato, and Mutsumi Nishida.
Evolutionary origin of the Scombridae (tunas and mackerels): Members of a paleogene adaptive radiation with 14 other pelagic fish families.
PLOS ONE, 8, e73535. (2013)

  • DOI: 10.1371/journal.pone.0073535 / PubMed: 24023883
  • Featured in Asahi Shimbun newspaper (Nov 4, 2013).
  • 魚類のミトコンドリアゲノムデータの詳細な分子系統解析によって、既存の形態の類似性に基づいた分類体系と異なり、マグロ・カツオ・サバなどを含む15科が深海に生息していたと推測される新たな分類群を作ることを明らかにするとともに、これをペラジア(「外洋に住むもの」を意味するギリシャ語)と命名しました。

11. (Review in Japanese)
尾崎遼,岩崎渉
ENCODEプロジェクトで明らかになったこと
細胞工学32,101-106.(2013)

  • Publisher / Amazon.co.jp
  • 細胞工学2013年1月号収録。それ自体は塩基配列の並びにすぎないゲノム配列に対し、そこに記された機能エレメントを全て明らかにすることを目指した米国の大規模研究プロジェクト「ENCODE」から発表された多くの論文群を紹介するとともに、注目すべき成果を解説した総説です。

10.
Thanet Praneenararat*, Toshihisa Takagi, and Wataru Iwasaki*.
Integration of interactive, multi-scale network navigation approach with Cytoscape for functional genomics in the big data era.
BMC Genomics, 13(Suppl 7), S24. (2012)

  • DOI: 10.1186/1471-2164-13-S7-S24 / PubMed: 23281970
  • navicluster NaviClusterCS Website
  • Accepted for a conference paper presentation at 11th International Conference on Bioinformatics (InCOB2012).
  • 超高速グラフクラスタリングアルゴリズムによるネットワーク可視化ソフトウェアNaviClusterを、バイオインフォマティクス分野におけるネットワーク可視化・解析プラットフォームとしてデファクトスタンダートであるCytoscapeのプラグインに移植しました。

9. (Review in Japanese)
佐藤行人,八谷剛史,岩崎渉
水圏生物学における次世代シーケンサー活用の現状と応用可能性への展望
水産育種, 41,17-32.(2012)

  • (English abstract available)
  • Yukuto Sato, Tsuyoshi Hachiya, and Wataru Iwasaki.
  • Next-generation sequencing in aquatic biology: Current status and future directions.
  • Fish Genetics and Breeding Science, 41, 17-32. (2012)
  • 水圏生物学分野における次世代シーケンサー活用とその展望について、トランスクリプトーム解析、集団遺伝学解析、メタゲノム解析など幅広いアプリケーションにわたって解説した総説です。

8. (Review in Japanese)
岩崎渉,山本泰智,高木利久.
文献管理・文献推薦
実験医学29,2556-2562.(2011)

  • Publisher / Amazon.co.jp
  • 実験医学増刊『使えるデータベース・ウェブツール 日本発のデータベース戦略から,ゲノム・疾患情報の有効活用まで』(有田正規/編)収録(pp. 222-228)。研究の最初と最後の段階、すなわち、研究立案と論文執筆の両者において共に鍵を握るのが文献調査の量と質です。この総説では、医学生物学分野においてこれらのプロセスをコンピュータの活用によって効率化することを目指した文献管理・文献推薦の情報技術について解説しました。

7.
Thanet Praneenararat*, Toshihisa Takagi, and Wataru Iwasaki*.
Interactive, multi-scale navigation of large and complicated biological networks.
Bioinformatics, 27, 1121-1127. (2011)

  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btr083 / PubMed: 21349867
  • navicluster NaviCluster Website
  • 生命科学分野において多くのデータはネットワークとして表現されますが、オーミクスデータなど巨大なネットワークの可視化を行うことは極めて困難です(毛玉のように見えることから"hairball問題"と呼ばれます)。この研究では、超高速グラフクラスタリングアルゴリズムによって、Google Mapsのように動的に粒度を調整しながらネットワーク可視化を行うソフトウェアNaviClusterを開発しました。

6.
Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Wataru Iwasaki, and Kiyoshi Asai.
Generalized centroid estimators in bioinformatics.
PLOS ONE, 6, e16450. (2011)

  • DOI: 10.1371/journal.pone.0016450 / PubMed: 21365017
  • バイオインフォマティクス分野における多くの問題を俯瞰すると、しばしば、個々の推定値が実現する確率が極めて小さいような高次元空間における点推定問題として定式化されることがわかります。この研究では、そういった典型的な問題において強力かつ理論的基礎を持った推定を可能にする枠組みとして、一般化セントロイド推定関数を導入しました。

5.
Wataru Iwasaki*, Yasunori Yamamoto*, and Toshihisa Takagi.
TogoDoc Server/Client System: Smart recommendation and efficient management of life science literature.
PLOS ONE, 5, e15305. (2010)

  • DOI: 10.1371/journal.pone.0015305 / PubMed: 21179453
  • togodoc TogoDoc Client Website
  • togodocmobile TogoDocMobile@AppStore
  • 生命科学が分野横断的科学になり続ける時代において、文献調査のプロセスを効率化することは、生命科学分野の研究全体を加速していく観点からも極めて重要な課題と言えます。この研究では、研究者のPCに保存された文献PDFファイルをもとに文献調査を効率化する統合ソリューションTogoDocを開発しました。

4.
Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi.
An intuitive, informative, and most balanced representation of phylogenetic topologies.
Systematic Biology, 59, 584-593. (2010)

  • DOI: 10.1093/sysbio/syq044 / PubMed: 20817714
  • wheeltree Wheel Tree Website
  • Recommended at Faculty of 1000.
  • 生命進化を記述する上で、一般的な2分岐系統樹では表現できない進化的な関係性をどのように表現するかは、しばしば見過ごされますが「一回性の現象である生命進化をどう捉えるか」にも直接関わる本質的な問題の一つです。この研究では、曖昧性をもって推定された進化的な関係性の情報表現手法である「車輪樹法」を開発しました。

3.
Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi.
Rapid pathway evolution facilitated by horizontal gene transfers across prokaryotic lineages.
PLOS Genetics, 5, e1000402. (2009)

  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1000402 / PubMed: 19266023
  • Recommended at Faculty of 1000
  • 「多くの遺伝子が揃って初めて機能するような複雑な生命システムがどのように進化し得たのか」は、生命進化における古典的かつ本質的な謎の一つです。この研究では、大規模比較ゲノム解析によって、原核生物において遺伝子水平伝播がそういった複雑な生命システムの進化に重要な役割を果たしたという仮説を提示しています。

2.
Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi.
Reconstruction of highly heterogeneous gene-content evolution across the three domains of life.
Bioinformatics, 23, i230-i239. (2007)

  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btm165 / PubMed: 17646301
  • Accepted for a conference paper presentation at 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology / 6th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2007). Acceptance rate = 15.8%.
  • ゲノム進化は遺伝子の獲得・欠失の過程としてモデル化することができますが、その過程はDNA配列の進化よりもはるかに大きな系統間での不均一性を示します。この研究では、進化速度の不均一性を考慮したゲノム進化モデルと、期待値最大化法に基づいたパラメータの効率的な推定アルゴリズムを開発しました。

1.
Wataru Iwasaki, Shun-ichi Sekine, Chizu Kuroishi, Seiki Kuramitsu, Mikako Shirouzu, and Shigeyuki Yokoyama.
Structural basis of the water-assisted asparagine recognition by asparaginyl-tRNA synthetase.
Journal of Molecular Biology, 360, 329-342. (2006)

  • DOI: 10.1016/j.jmb.2006.04.068 / PubMed: 16753178
  • 遺伝情報を正しく翻訳するには、アミノ酸と対応するtRNAとを誤りなく結合させることが不可欠です。この研究では、アスパラギニルtRNA合成酵素がアスパラギンおよびtRNA(Asn)を認識する分子メカニズム、特に、アスパラギンとアスパラギン酸とを正確に区別するために水分子を巧みに利用していることを構造生物学・生化学的手法によって明らかにしました。

Book Chapters

2.
岩崎渉環境DNA解析服部正平編『NGSアプリケーション 今すぐ始める! メタゲノム解析 実験プロトコール』,170-174. (2016)

1.
岩崎渉ゲノムからひもとく生命進化の道のり小久保英一郎・嶺重慎編著『宇宙と生命の起源2 素粒子から細胞へ』(岩波ジュニア新書777),181-200. (2014)

  • Amazon.co.jp
  • (内容紹介より)宇宙は何でできている? 宇宙の一番星、銀河、太陽、そして地球はどうやってできた? ブラックホールの意外な役割とは? 最初の生命とは? さらに細胞誕生、進化と大量絶滅を経て、わたしたち人類に至る、美しく壮大な138億年のドラマを第一線の研究者12人が語る。DNAを通して見た生命像には目からウロコ。iPS細胞やヒッグス粒子もわかる。

Essays and Others

14:
日本分子生物学会キャリアパス委員会
これでいいのか大学院教育!
日本分子生物学会第39回年会・キャリアパス委員会年会企画(2016)
PDF

13:
平岡聡史.
リレー紹介:日本のバイオインフォマティクス研究室 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻 岩崎研究室
日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第31号(2016)
PDF

12:
岩崎渉
ニュースレター担当幹事から・若手担当幹事から
日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第31号(2016)
PDF

11:
日本分子生物学会キャリアパス委員・日本生化学会男女共同参画推進委員会
研究者のライフイベントを考える ―目指すべき制度改正と環境改善―
第38回分子生物学会年会第88回生化学会大会合同大会・両学会合同企画(2015)
全文記録PDF

10:
日本分子生物学会キャリアパス委員会
博士の多様なキャリアパスを切り開く
日本分子生物学会第37回年会・キャリアパス委員会年会企画(2014)
全文記録PDF 開催報告(日本分子生物学会会報第110号)

9:
岩崎渉
微生物生態学とバイオインフォマティクス
日本微生物生態学会誌29巻1号(2014)

8:
井関祥子,岩崎渉
キャリアパス対談 第3回:井関祥子×岩崎 渉
日本分子生物学会会報第107号(2014)
Full Text PDF

7:
分子生物学会キャリアパス委員会
21世紀のアカデミア、君たちは何を目指す?
日本分子生物学会第36回年会・キャリアパス委員会年会企画(2013)
全文記録PDF

6:
岩崎渉
生命情報科学の発展を願う
日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第25号(2012)
PDF

5:
山本泰智,岩崎渉
ライフサイエンス統合データベースセンターの提供する文献関連ツール:TogoDoc, Allie, inMeXes
日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第24号(2012)
PDF

4:
岩崎渉
文献管理と文献推薦を一体化する生命科学研究者のための統合文献ソリューション
第2回 SPARC Japan セミナー2011(2011)
開催ドキュメントPDF

3:
佐藤行人,入江直樹,岩崎渉,藤井信之,八谷剛史.
次世代シーケンサー現場の会第1回研究会・開催レポート
日本進化学会ニュースvol.12 no.3(2011)
PDF

2:
岩崎渉
未来へ
創成(東京大学大学院新領域創成科学研究科広報誌)17号(2011)
PDF

1:
タネート プラーニーナラーラト,岩崎渉
The 4th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB) 開催報告
日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第22号(2011)
PDF

Contributed Reports

3:
第18期日本分子生物学会キャリアパス委員会大規模アンケート解析ワーキンググループ
第3回日本分子生物学会男女共同参画実態調査報告書
日本分子生物学会(2014年11月)
PDF

2:
日本学術会議 基礎生物学委員会・統合生物学委員会・農学委員会・ 基礎医学委員会・薬学委員会・情報学委員会合同 バイオインフォマティクス分科会
大容量情報時代の次世代生物学
日本学術会議 報告(2014年9月)
PDF

1:
バイオサイエンスデータベースセンター運営委員会人材育成分科会
バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(2014年3月)
PDF1 PDF2 PDF3

Talks

[*Invited]
Wataru Iwasaki. How do microbes spread across environmental barriers? The 9th Asian Symposium on Microbial Ecology,BEXCO, Busan, Korea (2017/2/27)*

岩崎渉微生物解析におけるバイオインフォマティクスの活用第60回日本放線菌学会学術講演会.北里大学白金キャンパス,東京都港区.(2017/3/10)*

Wataru Iwasaki. Bioinformatic Approaches for Elucidating Genome Evolution. 1st Student-initiated Colloquium,National Institute of Genetics, Mishima, Shizuoka, Japan (2017/2/17)*

Wataru Iwasaki. A scientific career in an interdisciplinary area. Student-initiated Colloquium,National Institute of Genetics, Mishima, Shizuoka, Japan (2017/2/17)*

岩崎渉海洋の“ダークマター”遺伝子Workshop 「ゲノム時代の海洋生物学の展望」,東京大学柏キャンパス,千葉県柏市.(2016/11/2)

岩崎渉分子系統学とバイオインフォマティクス第202回農林交流センターワークショップ,農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所,茨城県つくば市.(2016/10/27)*

岩崎渉バイオインフォマティクスの最新動向バイオチップコンソーシアム第92回ワーキンググループ会議,若松地域センター,東京都新宿区.(2016/10/21)*

岩崎渉バイオインフォマティクスからバイオイメージインフォマティクスへ第5回生命医薬情報学連合大会,東京国際交流館プラザ平成,東京都江東区.(2016/9/30)

Shotaro Hirase, Hirohiko Takeshima, Mutsumi Nishida, and Wataru Iwasaki. Parallel mitogenome sequencing alleviates random rooting effect in phylogeography. 第5回生命医薬情報学連合大会,東京国際交流館プラザ平成,東京都江東区.(2016/9/30)

岩崎渉バイオインフォマティクスでひもとく生命進化の道のり早稲田大学先進理工学部電気・情報生命工学科講演会,早稲田大学西早稲田キャンパス,東京都新宿区.(2016/9/20)*

岩崎渉太古、生命はどんな光を見たか第4回「理想の追求」シンポジウム,Canon Global Management Institute,東京都目黒区.(2016/7/6)

岩崎渉生態系解析へのNGSの活用ー
超並列ミトゲノムシーケンスが
分子系統地理学に正確な“根”をもたらす生物科学専攻第1102回生物科学セミナー,東京大学本郷キャンパス,東京都文京区.(2016/6/27)

岩崎渉環境DNA解析のインパクトイルミナゲノムサミット2016「ゲノム情報活用で変わる未来」,東京コンファレンスセンター・品川,東京都港区.(2016/6/1)*

岩崎渉メタゲノムのHotな話題とHowについてライフ&インフォ女子の会第一回女子会,SNAPPER&GROUPER,東京都中央区.(2015/11/20)*

岩崎渉Bioinformatic Approaches for Comprehensive Description of Biological Systems京都大学化学研究所客員准教授講演会,京都大学化学研究所,京都府宇治市.(2015/11/12)*

Masaki Miya, Yukuto Sato, Tsukasa Fukunaga, Tetsuya Sado, Jan Yde Poulsen, Keiichi Sato, Toshifumi Minamoto, Satoshi Yamamoto, Hiroki Yamanaka, Hitoshi Araki, Michio Kondoh, and Wataru Iwasaki. MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species. 生命医薬情報学連合大会2015年大会(日本バイオインフォマティクス学会2015年年会). 京都大学宇治キャンパス,京都府宇治市.(2015/10/30)

Wataru Iwasaki, Masaki Miya, Yukuto Sato, Tsukasa Fukunaga, Tetsuya Sado, Keiichi Sato, Toshifumi Minamoto, Satoshi Yamamoto, Hiroki Yamanaka, Hitoshi Araki, Reiko Fujimura, Minoru Ijichi, Koji Hamasaki, Kazuhiro Kogure, and Michio Kondoh. Toward ecosystem-scale biodiversity monitoring: Metabarcoding of microbial and environmental DNA from identical water samples. 第30回日本微生物生態学会土浦大会.土浦市亀城プラザ,茨城県土浦市.(2015/10/19)

岩崎渉分子系統学とバイオインフォマティクス第196回農林交流センターワークショップ,農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所,茨城県つくば市.(2015/10/28)*

岩崎渉NGSデータ解析におけるバイオインフォマティクスの課題第4回さきがけ「RNAと生体機能」終了領域研究会.ラフォーレ南紀白浜,和歌山県白浜町.(2015/10/24)*

岩崎渉大規模ゲノム比較によるゲノム進化解析法の開発生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/1)

Wataru Iwasaki. Bioinformatics for Exhaustively Describing Biological Systems: Genomes, Phenotypes, and Ecosystems. QBiC Symposium 2015. RIKEN Quantitative Biology Center, Suita, Osaka, Japan.(2015/8/25)*

岩崎渉NGSメタバーコーディングからより多くの情報を得るために日本進化学会第17回大会.中央大学後楽園キャンパス,東京都文京区.(2015/8/20)*

岩崎渉NGSデータ解析とバイオインフォマティクス:ゲノムから海洋生態系まで第6回生命科学阿波おどりシンポジウム.徳島大学蔵本キャンパス,徳島県徳島市.(2015/8/12)*

岩崎渉NGSデータ解析におけるバイオインフォマティクスの課題第17回日本RNA学会年会.ホテルライフォート札幌,北海道札幌市.(2015/7/15)*

岩崎渉NGS現場の会が目指すものNGS現場の会第四回研究会.つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2015/7/2)

岩崎渉,楊靜佳.MetaMetaDB:メタ・メタゲノム解析のためのデータベースNGS現場の会第四回研究会.つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2015/7/2)

岩崎渉太古、生命はどんな光を見たか第3回「理想の追求」シンポジウム,Canon Global Management Institute,東京都目黒区.(2015/6/22)

岩崎渉,楊靜佳.MetaMetaDB:微生物ゲノムと環境を簡便に結びつけるデータベース第9回日本ゲノム微生物学会年会,神戸大学六甲第二キャンパス,兵庫県神戸市.(2015/3/6)

岩崎渉定量生物学と情報生物学定量生物学の会第七回年会,九州大学筑紫キャンパス,福岡県春日市.(2015/1/11)*

岩崎渉大規模遺伝子情報から見えてくる生物進化地球システム変動研究の新戦略 ー知識連携から見えてきた地球環境と生命の進化ー,東京大学本郷キャンパス情報学環・福武ホール,東京都文京区.(2014/12/10)*

岩崎渉分子系統学とデータ表現第188回農林交流センターワークショップ,農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所,茨城県つくば市.(2014/11/6)*

岩崎渉生命情報科学分野のグランドチャレンジ生命情報科学若手の会第6回研究会.理化学研究所発生・再生科学総合研究センター.兵庫県神戸市.(2014/10/29-30)

岩崎渉,楊靜佳.微生物の生息環境の多様性とその進化:MetaMetaDBによる解析環境微生物系学会合同大会2014.浜松アクトシティコングレスセンター.静岡県浜松市.(2014/10/24)

Hikari Yoshitane, Haruka Ozaki, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, Wataru Iwasaki, and Yoshitaka Fukada. CLOCKによる古典的・非古典的E-boxを介した概日時計の“多声的”制御日本バイオインフォマティクス学会2014年年会/第3回生命医薬情報学連合大会,仙台国際センター,宮城県仙台市.(2014/10/3)

岩崎渉ようこそバイオインフォワールドへ(パネラー)日本バイオインフォマティクス学会2014年年会/第3回生命医薬情報学連合大会,仙台国際センター,宮城県仙台市.(2014/10/4)*

岩崎渉Fundamental bottlenecks in big-data biology第52回日本生物物理学会年会,札幌コンベンションセンター,北海道札幌市.(2014/9/27)*

岩崎渉バイオインフォマティクスから時空間解析へ日本学術会議学術フォーラム 生命情報ビッグデータ時代における新しい生命科学,日本学術会議講堂,東京都港区.(2014/8/29)*

岩崎渉ゲノムをどう比較するか、それが問題だラン藻ゲノム交流会2014,東京大学駒場キャンパス,東京都目黒区.(2014/7/19)*

岩崎渉太古、生命はどんな光を見たか第2回「理想の追求」シンポジウム,Canon Global Management Institute,東京都目黒区.(2014/7/4)

岩崎渉微生物ゲノム・メタゲノム、ChIP-Seq次世代シーケンサー研究推進のためのデータ解析ワークショップ(NGSワークショップ),つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2014/3/12)*

岩崎渉微生物生態系インフォマティクスの世界観NGiME (Next Generation in Microbial Ecology) 勉強会,愛媛大学,愛媛県松山市.(2014/2/23)*

岩崎渉生命の振る舞いと成り立ちに迫るためのバイオインフォマティクス生命情報科学若手の会第5回研究会,東京大学検見川セミナーハウス,千葉県千葉市.(2014/2/18)

岩崎渉次世代DNAシーケンサデータ解析分野のバイオインフォマティクス人材の見つけ方第36回日本分子生物学会年会,神戸ポートアイランド,兵庫県神戸市.(2013/12/4)*

岩崎渉バイオインフォマティクスから迫るアーキアの正体と多様性第29回日本微生物生態学会大会,鹿児島大学郡元キャンパス,鹿児島県鹿児島市.(2013/11/22-25)*

岩崎渉,楊靜佳.MetaMetaDB: Microbial Habitability解析のためのメタ・メタゲノムデータベース第29回日本微生物生態学会大会,鹿児島大学郡元キャンパス,鹿児島県鹿児島市.(2013/11/22-25)

岩崎渉系統推定結果の表現と認識第176回農林交流センターワークショップ,農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所,茨城県つくば市.(2013/11/7)*

岩崎渉バイオインフォマティクスの利用と考え方熱水活動域の生態学:生態系の研究と環境影響評価(東京大学大気海洋研究所共同利用研究集会),東京大学柏キャンパス,千葉県柏市.(2013/05/28)*

岩崎渉バイオインフォマティクスからの系統樹可視化日本生物地理学会第68回年次大会,立教大学,東京都豊島区.(2013/04/14)*

岩崎渉,タネート プラーニーナラーラト,高木利久.インタラクティブ・マルチスケール・ネットワーク・ナビゲーション第52回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)・第17回オープンバイオ研究会,北陸先端科学技術大学院大学,石川県能美市.(2013/03/29-30)

岩崎渉遺伝子の旅と地球の変動生命情報科学若手の会 第4回研究会,岡崎コンファレンスセンター,愛知県岡崎市.(2013/3/2)

岩崎渉生命科学データの表現と解釈産業技術総合研究所生命情報工学研究センターHPCIセミナー,産業技術総合研究所生命情報工学研究センター,東京都江東区.(2013/01/25)*

岩崎渉ゲノムインフォマティクスは系統分類学にパラダイムシフトを引き起こすか?第32回日本微生物系統分類研究会年次大会,産業技術総合研究所 つくばセンター,茨城県つくば市.(2012/11/16)*

岩崎渉系統推定結果の表現と認識第166回農林交流センターワークショップ,農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所,茨城県つくば市.(2012/11/1)*

岩崎渉この広い地球とバイオインフォマティクスこれからの生命科学を考える(生命医薬情報学連合大会シンポジウム),タワーホール船堀,東京都江戸川区.(2012/10/16)*

Wataru Iwasaki. Bioinformatics for eco-systems biology. The 28th Annual meeting of the Japanese Society of Microbial Ecology, Toyohashi University of Technology, Toyohashi, Japan (2012/9/20)*

岩崎渉この青い惑星で微生物はどのように進化してきたのか?第16回 微研部員会主催セミナー,大阪大学微生物病研究所,大阪府吹田市.(2012/7/20)*

Wataru Iwasaki. How can bioinformatics open up new fields in marine microbiology?. CREST International Workshop on Aquatic Microbial Ecology, Atmosphere and Ocean Research Institute, the University of Tokyo, Kashiwa, Japan (2012/7/6)

岩崎渉文献管理と文献推薦を一体化する生命科学研究者のための統合文献ソリューションSPARC Japan セミナー2011,国立情報学研究所,東京都千代田区.(2011/12/6)*

Wataru Iwasaki, Yasunori Yamamoto, and Toshihisa Takagi. TogoDoc server/client system: smart recommendation and efficient management of life science literature. The 2011 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics / Chem-Bio Informatics Society Annual Meeting 2011 (CBI/JSBi2011), Kobe International Conference Center, Kobe, Japan (2011/11/8)

岩崎渉系統推定結果の表現と認識第155回農林交流センターワークショップ,農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所,茨城県つくば市.(2011/10/27)*

岩崎渉期待値最大化法に基づいたゲノム進化過程の再構築共同利用重点型研究による研究集会 「ゲノム多様性と進化の統計数理」,統計数理研究所,東京都立川市.(2011/10/26)

岩崎渉文献管理+文献推薦=TogoDoc生命情報科学若手の会第3回研究会,基礎生物学研究所,愛知県岡崎市.(2011/10/16)

岩崎渉超高速遺伝子配列解読技術とバイオインフォマティクス第48回海中海底工学フォーラム,東京大学柏キャンパス,千葉県柏市.(2011/10/14)*

岩崎渉大規模ゲノム解析から読み解く生命システムの進化第27回微生物生態学会若手交流会,京都大学北部キャンパス,京都府京都市.(2011/10/7)*

岩崎渉微生物ゲノムはどのように進化してきたのか?第5回 日本ゲノム微生物学会 若手の会 研究会,ろうきん研修所富士センター,静岡県小山町.(2011/9/29)*

岩崎渉大規模な生命科学データを解釈するためのバイオインフォマティクス技術生命情報科学若手の会・沖縄セミナー,独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構,沖縄県恩納村.(2011/9/3)

岩崎渉大量遺伝子情報は生態系動態研究をどう変えるか?BMPセミナー,東京大学柏キャンパス,千葉県柏市.(2011/6/29)*

岩崎渉,高木利久.誰もが分子進化解析をする時代のための系統関係表現第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会(BMB2010),ポートアイランド,兵庫県神戸市.(2010/12/7)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. A Travelling Salesman Approach to Phylogenetic Trees. 4th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB), Biopolis, Singapore, Singapore. (2010/12/2)

岩崎渉車輪樹法:系統樹を超えて生命情報科学若手の会第2回研究会,国立遺伝学研究所,静岡県三島市.(2010/10/10)

岩崎渉系統推定結果の表現と認識第147回農林交流センターワークショップ,農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所,茨城県つくば市.(2010/8/24)*

岩崎渉車輪樹法:曖昧な進化系統解析結果をどう認識するか日本進化学会 第12回 東京大会,東京工業大学大岡山キャンパス,東京都目黒区.(2010/8/4)

岩崎渉膨大な細菌ゲノム情報が可能にする代謝ネットワーク進化の俯瞰的解析第83回日本細菌学会総会,パシフィコ横浜,神奈川県横浜市.(2010/3/28)*

岩崎渉1000ゲノム時代に進化を読み解く:分子系統樹では物足りないときどうするか第37回駒場進化セミナー,東京大学駒場キャンパス,東京都目黒区.(2010/3/8)*

岩崎渉,山本泰智,高木利久.生命科学研究者のための統合文献情報管理システム/研究者の論文フォルダには何が埋もれているか第43回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI)/第13回オープンバイオ研究会,北陸先端科学技術大学院大学,石川県能美市.(2010/3/5-6)

岩崎渉,山本泰智,高木利久.生命科学研究者のための統合文献情報管理システム第32回日本分子生物学会,パシフィコ横浜,神奈川県横浜市.(2009/12/10)

岩崎渉複数遺伝子を必要とするシステムの獲得はどのようにして可能になったのか情報生命科学若手の会第1回研究会,国立遺伝学研究所,静岡県三島市.(2009/4/25)

岩崎渉大量のゲノム配列情報を用いたゲノム進化過程の再構築かずさDNA研究所バイオインフォマティクスセミナー,かずさDNA研究所,千葉県木更津市.(2009/1/26)*

岩崎渉,高木利久.遺伝子水平伝播による代謝パスウェイの不連続進化第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会(BMB2008),ポートアイランド,兵庫県神戸市.(2008/12/9)

岩崎渉ゲノム・パスウェイ・生命科学リソースの流れを扱うバイオインフォマティクスBioinformatics研究若手の会,国立遺伝学研究所,静岡県三島市.(2008/10/11)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. Reconstruction of Highly Heterogeneous Gene-Content Evolution across the Three Domains of Life. 1st Japan-Taiwan Young Researchers Conference on Computational and Systems Biology, National Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan. (2008/3/10)

岩崎渉オンラインリソースのより効果的な利用を目的とした文献管理ソフトウェアの開発.ライフサイエンス統合データベースセンター,東京都文京区.(2008/2/28)

岩崎渉ゲノム配列大量解読時代のためのゲノム進化解析法の開発.産業総合技術研究所生命情報工学研究センター,東京都江東区.(2008/2/15)*

岩崎渉,高木利久.大規模ゲノム比較によるゲノム進化解析法の開発日本進化学会 第9回 京都大会,京都大学吉田キャンパス,京都府京都市.(2007/8/31)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. Reconstruction of Highly Heterogeneous Gene-Content Evolution across the Three Domains of Life. 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), Austria Center Vienna, Vienna, Austria (2007/7/24)

Posters and Co-authored Talks (Likely Incomplete)

[*Co-authored Talks]
福田聡子,岩崎渉機械学習と加速度計を用いたイエネコの大規模行動解析手法の構築第17回東京大学生命科学シンポジウム,東京大学本郷キャンパス,東京都文京区.(2017/4/15)

平瀬祥太朗,手塚あゆみ,永野惇,岩崎渉更新世の日本海隔離で生じたアゴハゼ2グループの交雑帯のRAD-seq解析第64回日本生態学会大会,早稲田大学早稲田キャンパス,東京都新宿区.(2017/3/14-18)*

三上智之,岩崎渉パレート最適性がもたらす進化的制約の再検証-系統学的観点から-第64回日本生態学会大会,早稲田大学早稲田キャンパス,東京都新宿区.(2017/3/14-18)*

平岡聡史,宮原雅也,藤井和史,町山麻子,岩崎渉雨水細菌叢の季節性変動解析から明らかにする大気中の微生物長距離移動第11回日本ゲノム微生物学会年会.慶應義塾大学湘南藤沢キャンパス,神奈川県藤沢市.(2017/3/2-4)*

高島昌子,Sira Sriswasdi,西村祐貴,眞鍋理一郎,杉田隆,遠藤力也,岩崎渉,大熊盛也.ゲノムデータに基づくTrichosporonales目の系統解析第11回日本ゲノム微生物学会年会.慶應義塾大学湘南藤沢キャンパス,神奈川県藤沢市.(2017/3/2-4)

岩崎渉,Sriswasdi Sira,高島昌子,眞鍋理一郎,大熊盛也,杉田隆.トリコスポロン属酵母ハイブリッドゲノムにおける遺伝子進化速度の低下第11回日本ゲノム微生物学会年会.慶應義塾大学湘南藤沢キャンパス,神奈川県藤沢市.(2017/3/2-4)

三上智之,岩崎渉パレート最適性はアンモノイド類の表現型進化を制約するか? ―系統学的観点からの再検証―日本古生物学会第166回例会.早稲田大学早稲田キャンパス.東京都新宿区.(2017/1/27-29)

Salvatore Cosentino and Wataru Iwasaki. SonicParanoid: fast, accurate, and easy orthology inference. Advanced Genome Science International Symposium: The Start of New Genomics, The University of Tokyo Hongo Campus, Tokyo, Japan. (2017/1/10-11)

Marty K.S. Wong, Takehiro Tsukada, Nobuhiro Ogawa, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Yoshio Takei. Japanese eels regulate osmolality by uncharacterized sodium-binding proteins: identification via transcriptome. Advanced Genome Science International Symposium: The Start of New Genomics, The University of Tokyo Hongo Campus, Tokyo, Japan. (2017/1/10-11)

福田聡子,岩崎渉3軸加速度計と機械学習による行動識別手法の構築第12回バイオロギングシンポジウム,同志社大学今出川校地,京都府京都市.(2016/12/2-3)

吉種光,寺嶋秀騎,尾崎遼,岩崎渉,深田 吉孝.A-to-I RNA編集酵素は体内時計からの出力リズムの鍵分子である第39回日本分子生物学会年会,パシフィコ横浜,神奈川県横浜市.(2016/12/2)

竹之下憂祐,橋本昌和,松井求,豊田敦,岩崎渉,佐々木洋.マウス初期胚で働く新規細胞競合関連因子の探索第39回日本分子生物学会年会,パシフィコ横浜,神奈川県横浜市.(2016/11/30)

福田聡子,岩崎渉加速度データの機械学習によるイエネコの大規模行動解析手法の確立日本動物行動学会第35回大会,新潟大学五十嵐キャンパス,新潟県新潟市.(2016/11/11-13)

熊谷洋平,吉澤晋,小椋義俊,林哲也,木暮一啓,岩崎渉海洋性フラボバクテリアにおける、プロテオロドプシンを介した光利用と光防御のトレード・オフ日本微生物生態学会第31回大会,横須賀市文化会館,神奈川県横須賀市.(2016/10/23-25)

平岡聡史,宮原雅也,藤井和史,町山(菊地)麻子,岩崎渉雨水細菌叢の季節性変動解析から明らかにする大気中の微生物長距離移動日本微生物生態学会第31回大会,横須賀市文化会館,神奈川県横須賀市.(2016/10/23-25)

松井求,岩崎渉グラフってる?〜Graph Splitting法が拓く進化学の新たな世界〜生命情報科学若手の会第8回研究会,北海道大学札幌キャンパス・北海道地区国立大学大滝セミナーハウス,北海道札幌市・北海道伊達市.(2016/10/12-14)*

三上智之,岩崎渉パレート理論は表現型進化を説明するか?-系統的制約を考慮した検証-生命情報科学若手の会第8回研究会,北海道大学札幌キャンパス・北海道地区国立大学大滝セミナーハウス,北海道札幌市・北海道伊達市.(2016/10/12-14)*

新居良規,岩崎渉食虫植物から探るゲノムサイズ進化のメカニズム生命情報科学若手の会第8回研究会,北海道大学札幌キャンパス・北海道地区国立大学大滝セミナーハウス,北海道札幌市・北海道伊達市.(2016/10/12-14)*

黒木健,楊靜佳,岩崎渉バクテリアにおける自己複製配列の急増によるゲノムサイズ拡大生命情報科学若手の会第8回研究会,北海道大学札幌キャンパス・北海道地区国立大学大滝セミナーハウス,北海道札幌市・北海道伊達市.(2016/10/12-14)*

熊谷洋平,吉澤晋,木暮一啓,岩崎渉プロテオロドプシン遺伝子の系統プロファイル解析生命情報科学若手の会第8回研究会,北海道大学札幌キャンパス・北海道地区国立大学大滝セミナーハウス,北海道札幌市・北海道伊達市.(2016/10/12-14)*

平岡聡史,宮原雅也,藤井和史,町山(菊地)麻子,岩崎渉雨水細菌叢の季節性変動解析から明らかにする大気中の微生物長距離移動生命情報科学若手の会第8回研究会,北海道大学札幌キャンパス・北海道地区国立大学大滝セミナーハウス,北海道札幌市・北海道伊達市.(2016/10/12-14)*

吉野将史,平岡聡史,福田聡子,岩崎渉草津温泉土壌からの長鎖DNA抽出生命情報科学若手の会第8回研究会,北海道大学札幌キャンパス・北海道地区国立大学大滝セミナーハウス,北海道札幌市・北海道伊達市.(2016/10/12-14)*

馬場択視,岩崎渉日本人固有の多因子疾患に関わる原因遺伝子と生活習慣の組み合わせ解析に向けて.''生命情報科学若手の会第8回研
究会'',北海道大学札幌キャンパス・北海道地区国立大学大滝セミナーハウス,北海道札幌市・北海道伊達市.(2016/10/12-14)*

吉川武文,岩崎渉社会性昆虫の進化的背景生命情報科学若手の会第8回研究会,北海道大学札幌キャンパス・北海道地区国立大学大滝セミナーハウス,北海道札幌市・北海道伊達市.(2016/10/12-14)*

Satoshi Hiraoka, Asako Machiyama, Minoru Ijichi, Kentaro Inoue, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure, and Wataru Iwasaki. Genomic and metagenomic analysis of microbes in a soil environment affected by the 2011 Great East Japan Earthquake Tsunami. The 8th Asian Symposium on Microbial Ecology, National Taiwan University, Taipei, Taiwan. (2016/9/30-10/2)

Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure, and Wataru Iwasaki. Phylogenetic profiling analysis of proteorhodopsin gene among marine flavobacteria. The 8th Asian Symposium on Microbial Ecology, National Taiwan University, Taipei, Taiwan. (2016/9/30-10/2)

福永津嵩,浜田道昭,岩崎渉Computational Ethology:バイオイメージインフォマティクスと動物行動学の融合第5回生命医薬情報学連合大会,東京国際交流館プラザ平成,東京都江東区.(2016/9/30)*

Kanatomo Tatsuno and Wataru Iwasaki. miRNAs of the tumor-resistant rodent, the naked mole rat. 第5回生命医薬情報学連合大会,東京国際交流館プラザ平成,東京都江東区.(2016/9/29-10/1)
[ポスター賞受賞]

Tomoyuki Mikami and Wataru Iwasaki. Evaluation of Floral Pareto Optimality under Pollinator Mediated Trade-Offs. 第5回生命医薬情報学連合大会,東京国際交流館プラザ平成,東京都江東区.(2016/9/29-10/1)
[ポスター賞受賞]

Emiko Ushiyama and Wataru Iwasaki. Bibliometric analysis toward endemic disease studies using bioinformatic approaches. 第5回生命医薬情報学連合大会,東京国際交流館プラザ平成,東京都江東区.(2016/9/29-10/1)

Satoko Fukuda and Wataru Iwasaki. Machine-learning analysis of behavioral data from a tri-axis accelerometer: a case study of domestic cats. 第5回生命医薬情報学連合大会,東京国際交流館プラザ平成,東京都江東区.(2016/9/29-10/1)

Masako Takashima, Ri-ichiroh Manabe, Wataru Iwasaki, Sira Sriswasdi, Rikiya Endoh, Moriya Ohkuma, and Takashi Sugita. Upgrading knowledge bases for a yeast classification system: A study of the order Trichosporonales focusing particularly on inter- or intra species diversity and genome analysis. 14th International Congress on Yeasts. Awaji Yumebutai International Conference Center, Awaji, Hyogo, Japan (2016/9/11-15).

Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki. Importance of considering simple factors in C. elegans behavioral analysis. 15th European Conference on Computational Biology. World forum convention center. the Hague, Netherlands. (2016/9/3-7)

平瀬祥太朗,手塚あゆみ,永野惇,岩崎渉新たなゲノム構成を有する交雑集団の形成:アゴハゼのRAD-seq解析日本進化学会第18回大会.東京工業大学大岡山キャンパス.東京都目黒区.(2016/8/25-28)*

三上智之,岩崎渉パレート最適性が花形質にもたらす進化的制約の検証日本進化学会第18回大会.東京工業大学大岡山キャンパス.東京都目黒区.(2016/8/25-28)
[優秀ポスター発表賞受賞]

Satoshi Hiraoka, Asako Machiyama, Minoru Ijichi, Kentaro Inoue, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure, and Wataru Iwasaki. Genomic and metagenomic analysis of microbes in a soil environment affected by the 2011 Great East Japan Earthquake tsunami. 16th International Symposium on Microbial Ecology. Palais des Congres de Montreal, Montréal, Canada (2016/8/21-26)

熊谷洋平,吉澤晋,木暮一啓,岩崎渉ゲノムから見た海洋性フラボバクテリア水圏微生物研究フォーラム2016.東京大学柏キャンパス.千葉県柏市.(2016/8/9-10)

伊知地稔,平岡聡史,岩崎渉,木暮一啓.Every gene is everywhere, but the environments select 仮説〜空間的に異なる海水試料での検証〜水圏微生物研究フォーラム2016.東京大学柏キャンパス.千葉県柏市.(2016/8/9-10)

福永津嵩,岩崎渉The Analysis of Factors Underlying Atypical Movement Patterns of C. elegans Strains. バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2016.大阪大学吹田キャンパス,大阪府吹田市.(2016/6/23)*

Shotaro Hirase, Ayumi Tezuka, Atsushi Nagano, Wataru Iwasaki. RAD-Seq analysis of an intertidal goby Chaeogobius annularis uncovered stable hybrid population with novel genomic composition. The 2016 annual meeting of the Society for the Study of Evolution, the Society of Systematic Biologists, and the American Society of Naturalists (Evolution 2016). Austin Convention Center. Austin, USA. (2016/6/20)*

平瀬祥太朗,手塚あゆみ,永野惇,岩崎渉How is a novel genetic group generated through hybridization? A RAD-seq analysis of an intertidal goby Chaenogobius annularis (Agohaze).第16回東京大学生命科学シンポジウム.東京大学駒場キャンパス.東京都目黒区.(2016/4/23)

三上智之,岩崎渉送粉生態学におけるパレート理論の検証―種間関係がもたらす表現型空間上の進化的制約―第16回東京大学生命科学シンポジウム.東京大学駒場キャンパス.東京都目黒区.(2016/4/23)

寺嶋秀騎,吉種光,尾崎遼,鈴木穣,榛葉繁紀,岩崎渉,深田吉孝.A-to-I RNA編集リズムによる体内時計システムの分子制御第16回東京大学生命科学シンポジウム.東京大学駒場キャンパス.東京都目黒区.(2016/4/23)

平瀬祥太朗,Sherrie Chambers,Kathryn Hassell,Melissa Carew,Vincent Pettigrove,征矢野清,長江真樹,岩崎渉マハゼ在来地域および侵入地域の分子系統地理平成28年度日本水産学会春季大会.東京海洋大学品川キャンパス,東京都港区.(2016/3/26)*

平瀬祥太朗,手塚あゆみ,永野惇,岩崎渉更新世の日本海隔離で生じたアゴハゼ2グループの交雑帯のRAD-seq解析日本生態学会第63回全国大会.仙台国際センター,宮城県仙台市.(2016/3/22)*

Satoshi Hiraoka, Asako Machiyama, Minoru Ijichi, Kentaro Inoue, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure and Wataru Iwasaki. Genomic and metagenomic analysis of microbes in a soil environment affected by the 2011 Great East Japan Earthquake Tsunami. International Symposium on Restoration after Great East Japan Earthquake -Our Knowledge on the Ecosystem and Fisheries-. Hongo Campus, the University of Tokyo, Tokyo, Japan. (2016/3/2-4)

Haruka Ozaki and Wataru Iwasaki. MOCCS: Clarifying DNA-binding Motif Ambiguity using ChIP-Seq Data. The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference. South San Francisco Conference Center, South San Francisco, USA. (2016/1/13)*

Satoshi Hiraoka, Asako Machiyama, Minoru Ijichi, Kentaro Inoue, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Susumu Yoshizawa, Kazuhiro Kogure, and Wataru Iwasaki. Genomic and metagenomic analysis of microbes in a soil environment affected by the 2011 Great East Japan Earthquake Tsunami. The 9th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology. Biopolis, Singapore, Singapore. (2016/1/21-22)

松井求,岩崎渉Graph Splitting法:トワイライトゾーンを越える新たな系統解析アプローチ第38回分子生物学会年会・第88回生化学会大会合同大会.神戸ポートアイランド,兵庫県神戸市.(2015/12/1-4)

寺嶋秀騎,吉種光,尾崎遼,鈴木穣,榛葉繁紀,岩崎渉,深田吉孝.リズミックなA-to-I RNA 編集による体内時計システムの分子制御第38回分子生物学会年会・第88回生化学会大会合同大会.神戸ポートアイランド,兵庫県神戸市.(2015/12/1-4)

福永津嵩,久保田祥子,尾田正二,岩崎渉GroupTracker: メダカの社会性行動を解析するためのトラッキングソフトウェアの開発日本動物行動学会第34回東京大会.東京海洋大学品川キャンパス,東京都港区.(2015/11/20-22)

熊谷洋平,吉澤晋,渡辺麻衣,池内昌彦,木暮一啓,岩崎渉「光合成」と「ロドプシン」、二つの異なる光利用システムを繋げる未知遺伝子DUF2237の機能解析藍藻の分子生物学2015.かずさアカデミアホール,千葉県木更津市.(2015/11/16-17)

Tsukasa Fukunaga, Shoko Kubota, Shoji Oda, and Wataru Iwasaki. GroupTracker: Video tracking system for multiple animals under severe occlusion. 生命医薬情報学連合大会2015年大会(日本バイオインフォマティクス学会2015年年会).京都大学宇治キャンパス,京都府宇治市.(2015/10/30)*

松井求,岩崎渉Graph Splitting法:トワイライトゾーンを越える新たな系統解析アプローチ生命医薬情報学連合大会2015年大会(日本バイオインフォマティクス学会2015年年会).京都大学宇治キャンパス,京都府宇治市.(2015/10/29)*

Satoshi Hiraoka and Wataru Iwasaki. Novel metagenomic data analysis method based on genetic divergences and gene-order networks. 生命医薬情報学連合大会2015年大会(日本バイオインフォマティクス学会2015年年会).京都大学宇治キャンパス,京都府宇治市.(2015/10/29-31)

Emiko Ushiyama and Wataru Iwasaki. Trend analysis of bioinformatic researches in each country. 生命医薬情報学連合大会2015年大会(日本バイオインフォマティクス学会2015年年会).京都大学宇治キャンパス,京都府宇治市.(2015/10/29-31)

Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki. Behavioral pattern detection algorithm for C.elegans towards understanding relationships among genes, neurons, and behavior. 生命医薬情報学連合大会2015年大会(日本バイオインフォマティクス学会2015年年会).京都大学宇治キャンパス,京都府宇治市.(2015/10/29-31)

Motomu Matsui and Wataru Iwasaki. Graph Splitting Method: Novel Phylogenetic Approach Beyond the Twilight Zone. 生命医薬情報学連合大会2015年大会(日本バイオインフォマティクス学会2015年年会).京都大学宇治キャンパス,京都府宇治市.(2015/10/29-31)
[最優秀口頭発表賞受賞]
[研究奨励賞受賞]

Xueting Qiang and Wataru Iwasaki. Mining Method Section of Full-Text Articles toward Better Selection of Bioinformatic Methods. 生命医薬情報学連合大会2015年大会(日本バイオインフォマティクス学会2015年年会).京都大学宇治キャンパス,京都府宇治市.(2015/10/29-31)

熊谷洋平,吉澤晋,福永津嵩,渡辺麻衣,池内昌彦,小椋義俊,林哲也,木暮一啓,岩崎渉プロテオロドプシンを持つ海洋細菌の有光層への適応に寄与する2つの遺伝子、SbtAとDUF2237第30回日本微生物生態学会土浦大会.土浦市亀城プラザ,茨城県土浦市.(2015/10/19)*

宮原雅也,藤井和史,岩崎渉16S rRNAアンプリコンシーケンスによる雨水微生物相の季節性変動の解析生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/3)*

竹下雅道,岩崎渉転写因子結合モチーフの曖昧さからevolvabilityを評価する生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/2)*

三上智之,岩崎渉送粉者トレードオフがもたらす花形質におけるパレート最適性の検証生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/2)*

新居良規,岩崎渉ウイルス感染との関係から探るタヌキモのゲノム進化のメカニズム生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/2)*

松井求,岩崎渉Graph Splitting法:トワイライトゾーンを越える新たな系統解析アプローチ生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/2)*

熊谷洋平,吉澤晋,木暮一啓,岩崎渉ゲノム駆動型の未知遺伝子の機能解析 -プロテオロドプシンとDUF2237を例として-生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/2)*

平岡聡史,岩崎渉遺伝子の配列・順序多様性に基づく新規メタゲノムデータ解析手法の確立生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/1)*

福田聡子,岩崎渉Nekome:イエネコのバイオロギング計画生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/1)*

Qiang Xueting,岩崎渉フルテキスト文献のメソッドセクションのマイニングによるバイオインフォマティクス手法名の抽出生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/1)*

牛山絵美子,岩崎渉各国のバイオインフォマティクス研究のトレンド解析生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/1)*

福永津嵩,岩崎渉C. elegans 変異株の行動モチーフ解析から探る遺伝子−神経−行動の対応関係生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/1)*

辰野奏知,岩崎渉パキテン期以降に発現するpiRNAの機能解析生命情報科学若手の会第7回研究会.慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパス,山形県鶴岡市.(2015/10/1)*

Masako Takashima, Ri-ichiroh Manabe, Wataru Iwasaki, Akira Ohyama, Moriya Ohkuma, and Takashi Sugita. A highly resolved phylogenetic tree of Trichosporonales species based on multiple gene sequence analysis. 32nd International Specialized Symposium on Yeasts. Hotel Giò Centro Congressi, Perugia, Italy. (2015/9/13-17)*

Masaki Miya, Yukuto Sato, Tsukasa Fukunaga, Tetsuya Sado, Jan Yde Poulsen, Keiichi Sato, Toshifumi Minamoto, Satoshi Yamamoto, Hiroki Yamanaka, Hitoshi Araki, Michio Kondoh, and Wataru Iwasaki. MiFish, a set of universal primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: Detection of >230 species from aquarium tanks and coral reefs in the subtropical western North Pacific. 6th International Barcode of Life Conference. University of Guelph, Guelph, Canada. (2015/8/19)*

松井求,岩崎渉NGS時代の新たな系統解析アプローチ: Graph Splitting法NGS現場の会第四回研究会.つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2015/7/1-3)

新居良規,岩崎渉タヌキモ科におけるゲノムサイズの変化とウイルス感染との相互作用の解析NGS現場の会第四回研究会.つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2015/7/1-3)

熊谷洋平,吉澤晋,福永津嵩,渡辺麻衣,池内昌彦,小椋義俊,林哲也,木暮一啓,岩崎渉プロテオロドプシンを持つ海洋細菌のゲノム比較から、新規の光利用関連遺伝子を探るNGS現場の会第四回研究会.つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2015/7/1-3)

平瀬祥太朗,岩崎渉日本列島におけるHybrid Speciationの可能性 −アゴハゼのNGS−NGS現場の会第四回研究会.つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2015/7/1-3)

平岡聡史,町山麻子,伊知地稔,井上健太郎,吉澤晋,木暮一啓,岩崎渉東北大地震の津波がもたらした大規模な環境撹乱に対する微生物の応答と適応NGS現場の会第四回研究会.つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2015/7/1-3)

岩崎渉,楊靜佳.MetaMetaDB:メタ・メタゲノム解析のためのデータベースNGS現場の会第四回研究会.つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2015/7/1-3)

尾崎遼,岩崎渉ChIP-SeqデータからDNAモチーフを抽出するMOCCSとその応用NGS現場の会第四回研究会.つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2015/7/1-3)

石津大嗣,岩崎由香,平形樹生,尾崎遼,岩崎渉,塩見春彦,塩見美喜子.piRNA生合成における前駆体RNA認識機構の解析NGS現場の会第四回研究会.つくば国際会議場,茨城県つくば市.(2015/7/2)*

松井求,岩崎渉Graph Splitting法:遠縁な進化的関係の解明に資する新たな系統解析手法の開発と適用第15回東京大学生命科学シンポジウム.東京大学本郷キャンパス,東京都文京区.(2015/6/27)

福永津嵩,岩崎渉Computational Ethology:バイオイメージインフォマティクスと動物行動学の融合バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2015.九州大学病院キャンパス,福岡県福岡市.(2015/6/18-19)

藤村玲子,金子亮,武島弘彦,岩崎渉,福庭辰洋,浜崎恒二,木暮一啓.超高速遺伝子解析時代の海洋生態系評価手法の創出第17回マリンバイオテクノロジー学会大会.東京海洋大学品川キャンパス,東京都港区.(2015/5/30)

尾崎和海,平瀬祥太郎,草間優子,岩崎渉,横山祐典,川幡穂高,多田隆治,山本正伸.日本海古環境データベース(JSPED)の構築とその応用日本地球惑星科学連合2015年大会.幕張メッセ国際会議場,千葉県千葉市.(2015/5/24)

Tsukasa Fukunaga, Shoko Kubota, Shoji Oda, and Wataru Iwasaki. GroupTracker: Video Tracking System for Multiple Animals under Severe Occlusion. The Thirteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2015), National Chiao Tung University, HsinChu, Taiwan. (2015/1/21)*

Tsukasa Fukunaga, Shoko Kubota, Shoji Oda, and Wataru Iwasaki. GroupTracker: Video Tracking System for Multiple Animals under Severe Occlusion. The eighth Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (8th AYRCOB), National Chiao Tung University, HsinChu, Taiwan. (2015/1/19-20)*

Wataru Iwasaki, Haruka Ozaki, Hikari Yoshitane, Hideki Terajima, Ngoc-Hien Du, Yutaka Suzuki, Taihei Fujimori, Naoki Kosaka, Shigeki Shimba, Sumio Sugano, Toshihisa Takagi, and Yoshitaka Fukada. MOCCS: a bioinformatic method to enumerate DNA-binding motifs from ChIP-Seq data. International Symposium on Genome Science 2015 “Expanding Frontiers of Genome Science II”, Hitotsubashi-Hall, Tokyo, Japan. (2015/1/20-21)

石津大嗣,岩崎由香,平形樹生,福永津嵩,尾崎遼,木立尚孝,岩崎渉,塩見春彦,塩見美喜子.人工piRNA発現システムを用いたpiRNA生合成機構の解析第37回日本分子生物学会年会,パシフィコ横浜.神奈川県横浜市.(2014/11/27)*

尾崎遼,吉種光,寺嶋秀騎,Ngoc-Hien Du,鈴木穣,藤森大平,小阪実生,榛葉繁紀,菅野純夫,高木利久,深田吉孝,岩崎渉ChIP-Seqデータから認識配列を網羅的に抽出するバイオインフォマティクス手法 MOCCS第37回日本分子生物学会年会,パシフィコ横浜.神奈川県横浜市.(2014/11/26)*

寺嶋秀騎,吉種光,尾崎遼,鈴木穣,榛葉繁紀,岩崎渉,深田吉孝.ゲノムワイドなCLOCKの標的探索により明らかにされたリズミックな転写後制御の重要性第37回日本分子生物学会年会,パシフィコ横浜.神奈川県横浜市.(2014/11/25)*

吉種光,尾崎遼,寺嶋秀騎,Ngoc-Hien Du,布川莉奈,鈴木穣,岩崎渉,深田吉孝.新しいバイオインフォマティクス技術MOCCSを用いた転写因子CLOCKのDNA結合モチーフの決定第37回日本分子生物学会年会,パシフィコ横浜.神奈川県横浜市.(2014/11/25)

宮正樹,佐藤行人,福永津嵩,佐土哲也,佐藤圭一,源利文,山中裕樹,荒木仁志,岩崎渉魚類環境DNA用ユニバーサルプライマーの開発と次世代シーケンサを用いた分析法の確立2014年度日本魚類学会年会.神奈川県立生命の星・地球博物館.神奈川県小田原市.(2014/11/15-17)*

平岡聡史,町山麻子,伊知地稔,井上健太郎,木暮一啓,岩崎渉東北大地震の津波による土壌微生物の多様性変化及び環境適応生命情報科学若手の会第6回研究会.理化学研究所発生・再生科学総合研究センター.兵庫県神戸市.(2014/10/29-30)

伊知地稔,町山麻子,高橋唯,千浦博,伊藤世人,北出有,花田茂久,田中祐之,岩崎渉,木暮一啓.Every gene is everywhere, but the environment selects環境微生物系学会合同大会2014.浜松アクトシティコングレスセンター.静岡県浜松市.(2014/10/24)*

Susumu Yoshizawa, Yohei Kumagai, Hana Kim, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Iwasaki, Edward F. DeLong, and Kazuhiro Kogure. Light-driven transmembrane H +, Na+ and Cl- pumping is mediated by three different rhodopsins in a marine flavobacterium. 環境微生物系学会合同大会2014.浜松アクトシティコングレスセンター.静岡県浜松市.(2014/10/24)*

熊谷洋平,吉澤晋,福永津嵩,渡辺麻衣,池内昌彦,小椋義俊,林哲也,木暮一啓,岩崎渉大規模比較ゲノム解析が明らかにする、プロテオロドプシンを持つ海洋細菌のゲノム進化環境微生物系学会合同大会2014.浜松アクトシティコングレスセンター.静岡県浜松市.(2014/10/24)*

平岡聡史,町山麻子,伊知地稔,井上健太郎,木暮一啓,岩崎渉東北大地震の津波による土壌微生物の多様性変化及び環境適応環境微生物系学会合同大会2014.浜松アクトシティコングレスセンター.静岡県浜松市.(2014/10/24)*

竹内美緒,山岸昂夫,鎌形洋一,大島健志朗,服部正平,片山泰樹,花田智,玉木秀幸,丸茂克美,前田広人,根建心具,岩崎渉,諏訪裕一,坂田将.微好気条件でのみ脱窒・亜酸化窒素生成(N2O)を行う新規海洋細菌環境微生物系学会合同大会2014.浜松アクトシティコングレスセンター.静岡県浜松市.(2014/10/24)

青木誠志郎,伊藤元己,岩崎渉マメ科根粒菌の起源:β-からα-プロテオバクテリアへの根粒形成遺伝子群nodIJの水平伝播環境微生物系学会合同大会2014.浜松アクトシティコングレスセンター.静岡県浜松市.(2014/10/23)*

Toshiaki Hosaka, Susumu Yoshizawa, Tomomi Kimura-Someya, Rojan Shrestha, Muhammad Muddassar, Kam Y. J. Zhang, Masakatsu Hato, Kazuhiro Kogure, Wataru Iwasaki, Mikako Shirouzu, and Shigeyuki Yokoyama. 青色光を吸収するプロテオロドプシンの結晶構造解析第87回日本生化学会大会,国立京都国際会館,京都府京都市.(2014/10/15-18)

平岡聡史,町山麻子,伊知地稔,井上健太郎,木暮一啓,岩崎渉. 東北大地震の津波による土壌微生物の多様性変化及び環境適応第8回日本ゲノム微生物学会若手の会. ろうきん研修所富士センター,静岡県小山町.(2014/9/28-29)*

Tsukasa Fukunaga, Shoko Kubota, Shoji Oda, and Wataru Iwasaki. GroupTracker: A video tracking system for analysis of social behaviors in a medaka school. 第20回小型魚類研究会. 慶應義塾大学芝共立キャンパス,東京都港区.(2014/9/20-21)*

Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Tsukasa Fukunaga, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Edward F. DeLong, Kazuhiro Kogure, Wataru Iwasaki. Gains and losses of proteorhodopsin genes affect genomic evolution. 15th International Symposium on Microbial Ecology. Coex Convention Center, Seoul, Korea. (2014/8/24-29)

Minoru Ijichi, Asako Machiyama, Yui Takahashi, Hiroshi X. Chiura, Yohito Ito, Tamotsu Kitade, Shigehisa Hanada, Yuji Tanaka, Wataru Iwasaki and Kazuhiro Kogure. Meta-omics approach to biofilm communities on the membrane of seawater reverse osmosis system. 15th International Symposium on Microbial Ecology. Coex Convention Center, Seoul, Korea. (2014/8/24-29)

Susumu Yoshizawa, Yohei Kumagai, Hana Kim, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Iwasaki, Edward F. DeLong and Kazuhiro Kogure. Functional diversification in bacterial rhodopsins: a new class of light-driven Cl- pumps in marine flavobacteria. 15th International Symposium on Microbial Ecology. Coex Convention Center, Seoul, Korea. (2014/8/24-29)

伊知地稔,町山麻子,高橋唯,千浦博,伊藤世人,北出有,花田茂久,田中祐之,岩崎渉,木暮一啓.Every gene is everywhere, but the environment selects第8回細菌学若手コロッセウム.ホテルニセコいこいの村,北海道ニセコ町.(2014/8/7)

石津大嗣,平形樹生,福永津嵩,尾崎遼,木立尚孝,岩崎渉,塩見春彦,塩見美喜子.人工piRNA発現システムを用いたpiRNA生合成機構の解析第16回日本RNA学会年会.ウインクあいち,愛知県名古屋市.(2014/7/23-25)

福永津嵩,久保田祥子,尾田正二,岩崎渉バイオイメージインフォマティクスによるメダカ社会性行動の定量化バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2014.岡崎コンファレンスセンター,愛知県岡崎市.(2014/6/9-10)

平岡聡史,町山麻子,伊知地稔,井上健太郎,木暮一啓,岩崎渉微生物の津波土壌への適応第14回東京大学生命科学ネットワークシンポジウム.東京大学本郷キャンパス,東京都文京区.(2014/4/26)

福永津嵩,久保田祥子,尾田正二,岩崎渉バイオイメージインフォマティクスによるメダカ社会性行動の定量化第14回東京大学生命科学ネットワークシンポジウム.東京大学本郷キャンパス,東京都文京区.(2014/4/26)

平岡聡史,町山麻子,岩崎渉微生物の津波土壌への適応および進化第8回日本ゲノム微生物学会年会,東京農業大学世田谷キャンパス,東京都世田谷区.(2014/3/9)*

熊谷洋平,吉澤晋,木暮一啓,岩崎渉大規模比較ゲノム解析が明らかにするプロテオロドプシンを持つ海洋細菌のゲノム進化第8回日本ゲノム微生物学会年会,東京農業大学世田谷キャンパス,東京都世田谷区.(2014/3/7)*

福永津嵩,岩崎渉バイオイメージインフォマティクスから探る魚類の社会性行動生命情報科学若手の会第5回研究会,東京大学検見川セミナーハウス,千葉県千葉市.(2014/2/18)*

平岡聡史,町山麻子,岩崎渉微生物の津波土壌への適応および進化生命情報科学若手の会第5回研究会,東京大学検見川セミナーハウス,千葉県千葉市.(2014/2/18)*

熊谷洋平,吉澤晋,木暮一啓,岩崎渉大規模比較ゲノム解析が明らかにするプロテオロドプシンを持つ海洋細菌のゲノム進化生命情報科学若手の会第5回研究会,東京大学検見川セミナーハウス,千葉県千葉市.(2014/2/17)*

尾崎遼,Marty Wong,竹井祥郎,岩崎渉What underlies repeated gains and losses of osmoregulatory abilities in teleost fishes?生命情報科学若手の会第5回研究会,東京大学検見川セミナーハウス,千葉県千葉市.(2014/2/17)*

尾崎遼,岩崎渉,高木利久.ChIP-Seqデータからの結合モチーフの列挙とその応用第36回日本分子生物学会年会,神戸ポートアイランド.兵庫県神戸市.(2013/12/3-6)

武島弘彦,平瀬祥太朗,岩崎渉,井口恵一朗,西田睦.次世代シーケンシングによるアユの集団ミトコンドリアゲノミクスへのアプローチ第36回日本分子生物学会年会,神戸ポートアイランド,兵庫県神戸市.(2013/12/3-6)

伊知地稔,町山麻子,高橋唯,千浦博,伊藤世人,北出有,花田茂久,田中祐之,岩崎渉,木暮 一啓.海水淡水化逆浸透膜に発生したバイオフィルムのメタゲノミクス第29回日本微生物生態学会大会,鹿児島大学郡元キャンパス,鹿児島県鹿児島市.(2013/11/22-25)*

竹内美緒,丸茂克美,根建宗具,前田広人,鎌形洋一,大島健志郎,岩崎渉,片山泰樹,山岸昂夫,花田智,坂田将.鹿児島湾海底堆積物中に生息するメタンを基盤とする新規中温性微生物群の生理学的・遺伝学的特徴の解明第29回日本微生物生態学会大会,鹿児島大学郡元キャンパス,鹿児島県鹿児島市.(2013/11/22-25)

Ching-chia Yang and Wataru Iwasaki. MetaMetaDB: Revealing all the habitats of microbes.. The 5th Taiwan-Korea-Japan International Symposium on Microbial Ecology, National Central University, Jhongli, Taiwan. (2013/10/31-11/2)

Mio Takeuchi, Katsumi Marumo, Hiroto Maeda, Munetomo Nedachi, Kenshiro Oshima, Taiki Katayama, Takao Yamagishi, Wataru Iwasaki, Yoichi Kamagata, Satoshi Hanada, Hideyuki Tamaki, Masahira Hattori, Yuichi Suwa, and Susumu Sakata. Novel marine moderately thermophilic microbes isolated from microbial consortium depends on methane.. The 5th Taiwan-Korea-Japan International Symposium on Microbial Ecology, National Central University, Jhongli, Taiwan. (2013/10/31-11/2)

Wataru Iwasaki, Tsukasa Fukunaga, Ryota Isagozawa, Koichiro Yamada, Yasunobu Maeda, Takashi P. Satoh, Tetsuya Sado, Kohji Mabuchi, Hirohiko Takeshima, Masaki Miya, and Mutsumi Nishida. MitoFish and MitoAnnotator: A Mitochondrial Genome Database of Fish with an Accurate and Automatic Annotation Pipeline.. 日本バイオインフォマティクス学会2013年年会/第2回生命医薬情報学連合大会, タワーホール船堀,東京都江戸川区(2013/10/29-31)
[Excellent Poster Award]

寺嶋秀騎,吉種光,尾崎遥,ズ ゴク-ヒエン,鈴木穣,榛葉繁紀,藤森大平,菅野純夫,高木利久,岩崎渉,深田吉孝.CLOCK-ChIP-Seq and Circadian Transcriptome in the Mouse Liver第86回日本生化学会大会,パシフィコ横浜,神奈川県横浜市(2013/9/11-13)

岩崎渉太古、生命はどんな光を見たか第1回「理想の追求」シンポジウム,アキバプラザ,東京都千代田区.(2013/06/11)

Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, and Wataru Iwasaki. Integration of interactive, multi-scale network navigation approach with Cytoscape for functional genomics in the big data era. 11th International Conference on Bioinformatics, Centara Grand at Central Plaza Ladprao Bangkok, Bangkok, Thailand. (2012/10/4)*

西田睦,福永津嵩,砂子澤遼太,山田浩一郎,佐藤崇,佐土哲也,宮正樹,武島弘彦,馬渕浩司,前田泰伸,岩崎渉高性能自動アノテーションパイプラインMitoAnnotatorの実装による魚類ミトコンドリアゲノムデータベースMitoFishの充実2013年度日本魚類学会年会,宮崎観光ホテル,宮崎県宮崎市.(2013/10/3-5)*

武島弘彦,平瀬祥太朗,岩崎渉,田畑諒一,渡辺勝敏,西田睦.次世代シーケンシングによる魚類の大量ミトコンドリアゲノム分析法の確立2013年度日本魚類学会年会,宮崎観光ホテル,宮崎県宮崎市.(2013/10/3-5)*

Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki. Gaussian mixture model-based multiple objects tracking for analysis of animal social behaviors.. Bioinformatics Week in Odaiba (BiWO2013), AIST Tokyo Waterfront, Tokyo, Japan. (2013/9/9-13)

Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki. MitoAnnotator: An accurate and automatic mitochondrial genome annotation pipeline. 7th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB), AIST Tokyo Waterfront, Tokyo, Japan. (2013/9/9-10)*

平瀬祥太朗,武島弘彦,西田睦,岩崎渉次世代シーケンサーによる魚類ミトコンドリアゲノミクス: Parallel Tag Sequencingのプロトコル確立NGS現場の会第三回研究会,神戸国際会議場,兵庫県神戸市.(2013/9/4-5)

福永津嵩,岩崎渉MitoAnnotator : 超高速シーケンサー時代のミトコンドリアゲノムアノテーションシステムNGS現場の会第三回研究会,神戸国際会議場,兵庫県神戸市.(2013/9/4-5)

尾崎遼,Marty Wong,竹井祥郎,岩崎渉トランスクリプトーム時系列解析で迫る広塩性魚の浸透圧調節メカニズムの進化NGS現場の会第三回研究会,神戸国際会議場,兵庫県神戸市.(2013/9/4-5)

岩崎渉,町山麻子,平岡聡史,藤井和史,伊知地稔,井上健太郎,木暮一啓.空と海と陸をめぐる微生物の「旅」NGS現場の会第三回研究会,神戸国際会議場,兵庫県神戸市.(2013/9/4-5)

Ching-chia Yang and Wataru IwasakiMetaMetaDB: From metagenomes to the habitats of microbesNGS現場の会第三回研究会,神戸国際会議場,兵庫県神戸市.(2013/9/4-5)

Toshiaki Hosaka, Susumu Yoshizawa, Tomomi Kumura-Someya, Masakatsu Hato, Wataru Iwasaki, Kazuhiro Kogure, Shigeyuki Yokoyama, and Mikako Shirouzu. Cell-free synthesis, purifications, and crystallization of Proteorhodopsins, 7th International Conference on Structural Genomics, Keio Plaza Hotel Sapporo, Sapporo, Japan. (2013/8/30-31)

尾崎遼,岩崎渉,高木利久.メタゲノムデータの比較をab initioに行う手法の開発第7回日本ゲノム微生物学会年会,長浜バイオ大学,滋賀県長浜市.(2013/3/8)*

岩崎渉ライフサイエンスを加速する バイオインフォマティクス技術開発東京大学産学連携協議会年次総会ポスターセッション,東京大学伊藤国際学術センター,東京都文京区.(2013/3/6)

Yoshio Takei, Marty Wong, and Wataru Iwasaki. Exploring key genes responsible for seawater adaptation in teleost fish by transcriptome analyses, International Symposium on Genome Science: Expanding Frontiers of Genome Science, Ito International Research Center, the University of Tokyo, Tokyo, Japan. (2013/1/9-10)

Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, and Toshihisa Takagi. Enumerating DNA-binding Motifs from ChIP-Seq Data, 6th Asian Young Researchers Conference for Computational and Omics Biology, BGI-Shenzhen, Shenzhen, China. (2012/12/20)

吉種光,尾崎遼,寺嶋秀騎,ゴク・ヒエンズ,岩崎渉,鈴木穣,深田吉孝.時計タンパク質CLOCKのChIP-Seq解析と概日性トランスクリプトーム解析第85回日本生化学会大会,福岡国際会議場・マリンメッセ福岡,福岡県福岡市.(2012/12/15)*

吉種光,尾崎遼,寺嶋秀騎,ゴク・ヒエンズ,岩崎渉,鈴木穣,深田吉孝.時計タンパク質CLOCKのChIP-Seq解析と概日性トランスクリプトーム解析第35回日本分子生物学会年会,福岡国際会議場・マリンメッセ福岡,福岡県福岡市.(2012/12/13)*

Ching-chia Yang and Wataru Iwasaki. Metagenome-wide characterization of CRISPRs in diverse environments, The 7th International Conference on Genomics, Hong Kong, China. (2012/11/29-12/1)

Wataru Iwasaki, Yasunori Yamamoto, and Toshihisa Takagi. Literature Management and Recommendation Service for Life Scientists. Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology, Tower Hall Funabori, Tokyo, Japan. (2012/10/15-17)

Haruka Ozaki, Wataru Iwasaki, and Toshihisa Takagi. Enumerating DNA-binding Motifs from ChIP-seq. Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology, Tower Hall Funabori, Tokyo, Japan. (2012/10/15-17)

Wataru Iwasaki, Yasunori Yamamoto, and Toshihisa Takagi. TogoDoc Server/Client System: smart recommendation and efficient management of life science literature. 11th International Conference on Bioinformatics, Centara Grand at Central Plaza Ladprao, Bangkok, Thailand. (2012/10/3-5)

町山麻子,岩崎渉NGSを用いた海洋生態系理解へ向けてNGS現場の会第2回研究会,ホテル阪急エキスポパーク,大阪府吹田市.(2012/5/24-25)

Wataru Iwasaki, Yasunori Yamamoto, and Toshihisa Takagi. TogoDoc: Paper Recommendation and Management. 5th Asian Young Researchers Conference for Computational and Omics Biology, University of Sciences and Technology, Daejeon, Korea. (2011/8/10-12)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. Wheel Tree: Intuitive Representation of Multiple Phylogenetic Topologies. 2011 Annual Meeting of Society for Molecular Biology and Evolution, Kyoto University, Kyoto, Japan. (2011/7/28)

岩崎渉NGSを用いた転写制御の時系列解析次世代シークエンサ現場の会第一回研究会,熱海ニューフジヤホテル,静岡県熱海市.(2011/5/28)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. Wheel Tree: Overlooked Information in Phylogenetic Analysis. The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, Kyushu University School of Medicine, Fukuoka, Japan. (2010/12/13-15)

Thanet Praneenararat, Toshihisa Takagi, and Wataru IwasakiInteractive, Multi-Scale Navigation of Large and Complicated Biological Networks生命情報科学若手の会第2回研究会,国立遺伝学研究所,静岡県三島市.(2010/10/10)*

Thanet Praneenararat, Wataru Iwasaki, and Toshihisa Takagi. Interactive, Multi-Scale Navigation of Large and Complicated Biological Networks. The Annual CBRC Open House Workshop (CBRC2010) on Bioinformatics, AIST Tokyo Waterfront, Tokyo, Japan. (2010/7/28-30)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. Centroid Representation of Phylogenetic Trees Solved as a Travelling Salesman Problem. The Annual CBRC Open House Workshop (CBRC2010) on Bioinformatics, AIST Tokyo Waterfront, Tokyo, Japan. (2010/7/28-30)
[1st Poster Award]

Thanet Praneenararat, Wataru Iwasaki, and Toshihisa Takagi. Effective Multi-Scale Graph Navigation System Powered by Fast and Biologically Meaningful Hierarchical Clustering. 3rd Asian Young Researchers Conference for Computational and Omics Biology, National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan. (2010/3/10-11)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. Updated Phylogenetic Tree for the Era of 1000 Genomes. 3rd Asian Young Researchers Conference for Computational and Omics Biology, National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan. (2010/3/10-11)
[Best Poster Award]

Thanet Praneenararat, Wataru Iwasaki, and Toshihisa Takagi. Effective Multi-Scale Graph Navigation System Powered by Fast and Biologically Meaningful Hierarchical Clustering. The 20th International Conference on Genome Informatics, Pacifico Yokohama, Yokohama, Japan. (2009/12/14-16)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. Large-scale genome evolution analysis across the tree of life. Global COE Workshop on Bioinformatics in the Era of Genome Information Big Bang, BGI-Shenzhen, Shenzhen, China. (2009/11/6-7)

岩崎渉,高木利久.遺伝子水平伝播による代謝パスウェイの不連続進化第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会(BMB2008),ポートアイランド,兵庫県神戸市.(2008/12/9)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. Rapid Pathway Evolution Facilitated by Horizontal Gene Transfers Across Prokaryotic Lineages. 2nd Taiwan-Japan Young Researchers Conference on Computational and Systems Biology, AIST Tokyo Waterfront, Tokyo, Japan. (2008/11/4-6)
[Best Poster Award]

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. Analysis of heterogeneous genome evolution across the universal tree of life. 16th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Metro Toronto Convention Centre, Toronto, Canada. (2008/7/20-23)

岩崎渉,高木利久.大規模ゲノム比較によるゲノム進化解析法の開発東京大学 生命科学研究ネットワークシンポジウム,東京大学本郷キャンパス,東京都文京区.(2007/9/15)

Hiroshi Fukagawa, Wataru Iwasaki, and Toshihisa Takagi. A Prototype Platform for Flexible Comparison Analyses of Interactions and Pathways. 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), Austria Center Vienna, Vienna, Austria. (2007/7/21-25)

Steven Kraines, Wataru Iwasaki, Hiroyuki Usuki, and Yasunori Yamamoto. A Description Logics Ontology for Biomolecular Processes. 10th ISMB Bio-Ontologies SIG, Austria Center Vienna, Vienna, Austria. (2007/7/21-25)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. Maximum Likelihood Estimation of Ancestral Gene Content over the Universal Tree of Life. Pacific Symposium on Biocomputing 2007, Grand Wailea, Maui, Hawaii, USA. (2007/1/3-7)

Wataru Iwasaki and Toshihisa Takagi. An Expectation-Maximization Algorithm for Reconstructing Heterogeneous Gene-Content Evolution. International Conference on Genome Informatics 2006, Pacifico Yokohama, Yokohama, Japan. (2006/12/18-20)

岩崎渉,高木利久.進化の非一様性を考慮した遺伝子セット進化史の再構築法の開発日本分子生物学会2006フォーラム,名古屋国際会議場,愛知県名古屋市.(2006/12/6)

Awards

研究奨励賞, 生命医薬情報学連合大会2015年大会 (2015)

Excellent Poster Award, 日本バイオインフォマティクス学会2013年年会(第2回生命医薬情報学連合大会) (2013)

1st Poster Award, Computational Biology Research Center Workshop 2010 (2010)

Best Poster Award, 3rd Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (2010)

Dean Prize, Graduate School of Frontier Sciences, the University of Tokyo, as the organizing committee of TJYoung2 (2009)

Best Poster Award, 2nd Taiwan-Japan Young Researchers Conference on Computational and Systems Biology (2008)

Dean Prize, Graduate School of Frontier Sciences, the University of Tokyo (2007)